Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.

Доменная структура белка B8D0A1_HALOH по данным Pfam

Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка B8D0A1_HALOH	Клан
1,2.	PF00571	CBS	CBS - цистотионин-бета-синтетеаза (фермент, катализирующий первую стадию процесса превращения метионина в цистеин)	3–54; 62–115
3.	PF09021	HutP	HutP - регулятор экспрессии "hut" гена. Узнает три триплета UAG.	133–260

Представленность домена PF00571 в организмах разных видов

Таксон		Количество белков с доменом PF00571.
Эукариоты	Зеленые растения	599
	Грибы	563
	Животные	1320
	Остальные эукариоты	90
Бактерии		16978
Археи		1169

Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

№	PFAM ID	Bacillus subtilis
1,2.	PF00571	17
3.	PF09021	1

Это редкая доменная структура. Она больше не встречается.

Доменные перестройки

1. Домен PF00571 встречается в сочетании с разными доманами. В единственном числе и дуплицированный. В середине белка или на концах.
   Q8XIQ9_CLOPE:
   Q9HPF4_HALSA:
   O80804_ARATH:
   Q8ZTN6_PYRAE:
   
   
2. Домен PF09021 встречается в уже рассмотренной структуре ( и то только один раз) и в однодоменном белке.
   B8FPI2_DESHD:

Выравнивание-затравка для N-концевого домена.

Seed23.msf

Сравнение описания мотивов в разных БД


1. Самый короткий мотив - CBS, описан в SMART, распознающее правило -
2. Самый длинный домен - PTHR11911, описан в PANTHER, распознающее правило -
3. Структурные подписи, интегрированные в InterPro: MB_B8D0A1, SW_B8D0A1.
4. Нет, не совпадают. В одном случе весь белок выделяют в один структурный домен, в другом - граница не совпадает даже с концом второго CBS домена в Pfam.