На страницу второго семестра

Поисковые системы

  1. Описание моего белка в MRS, SRS и UniProt

    • В SRS, в отличии от остальных поисковых систем вся информация о белке собрана на одной странице со множеством ссылок - это удобно.
    • В MRS наглядно подсвечиваются участки последовательности для мутаций и вторичной структуры. Но здесь не понравился способ подсчёта релевантности - не по смыслу, а по количеству вхождений.
    • В UniProt выведены цитаты из работ, включающие запрос. Наверное, иногда это бывает полезным.

  2. Описанием поля "Taxonomy" банка SwissProt

    • Названия бактерий, начинающиеся с "gam":

      gambusia
      gammacoronavirus
      gammaherpesvirinae
      gammalipothrixvirus
      gammapapillomavirus
      gammaproteobacteria
      gammaretrovirus
      gammaridea

    • Английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии" -- gammaproteobacteria

    • В банке SwissProt 120605 записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий

  3. Поиск белков, сходных по функциям с HutP_Bacsu

    4. Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
     
    Antiterminator     		 
    ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & ([swissprot-Comment:Antiterminator*] > parent ))     		 
    5
    transcription termination ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & ((([swissprot-Comment:transcription*] & [swissprot-Comment:termination*]) | [swissprot-Comment:transcription termination*]) > parent ) ) 241
    hut operon ((([swissprot-Comment:Hut*] & [swissprot-Comment:operon*]) | [swissprot-Comment:Hut operon*]) > parent ) 27
    histidine utilization ((([swissprot-Comment:histidine*] & [swissprot-Comment:utilization*]) | [swissprot-Comment:histidine utilization*]) > parent ) 25

     
© Медведева