Назад

Комплексы ДНК-белок

Задание 1

  1. Заданная структура - белок 1TRO. Полярные взаимодействия между ДНК и белком.


    Кислород - красные шарики, азот - синие.
    Примечательно, что взаимодействуют исключительно кислороды ДНК с азотами белка.
    2

  2. Таблица. Контакты разного типа в комплексе 1TRO.pdb

    Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего
          остатками 2'-дезоксирибозы 0 12 12
          остатками фосфорной кислоты 0 12 12
          остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 17 4 21
          остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 22 0 22

Задание 4

Картинки, полученные программой nucplot:



Остаток, у которого больше всего связей с ДНК: Gln68

Мне кажется, наиболее важный для распознавания ДНК остаток Trp109 цепи A.
Во-первых, c цитозином 13 реагирует не только Trp, но и Arg, значит С13 важно связать.
Во вторых это связь меняет торсионные углы в С13.


Предсказание вторичной структуры РНК

Результат работы программы mfold, результат №1, P=5:

Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла XXXX.pdb

Участок структуры
Позиции в структуре
(по результатам find_pair) 		Результаты предсказания
по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель 5' 901-907 3'
5' 966-972 3'
Всего 7 пар 		предсказано 5 пар из 7 реальных
D-стебель 5' 910-913 3'
5' 922-925 3'
Всего 4 пары 		предсказано 3 пары из 4 реальных
T-стебель 5' 948-952 3'
5' 962-965 3'
Всего 4 пары 		предсказано 4 пары из 4 реальных
Антикодоновый стебель 927-931 3'
5' 939-943 3'
Всего 5 пар 		предсказано 5 пар из 5 реальных
Общее число канонических пар нуклеотидов 15 22
© Медведева