Сильно варьируется число трансмембранных сегментов: от 4 - 2rlf, до 32 - 2w2e. Белок может быть практически целиком погружённым в мембрану (2w2e), выдаваться во внутренню часть клетки (2j58), выдаваться наружу (3kg2) или в обе стороны (2zw3). Немембранная часть белка может быть как и "продолжением" мембранной части (2zw3), так и отдельными доменами, соединёнными через подвижные петли(2j58).
Пять бета-баррелей: 2k4t , 1nqe , 3pik , 7ahl , 3fid
Бета-баррель может быть перпендикулярен мембране(1nqe), а может пронизовать её под углом (3fid). Как и для альфа-спиральных белков можно выделить целиком погружённые (2k4t), выдающиеся наружу (7ahl), выдающиеся внутрь(3pik). И опять, немембранная часть может быть продолжением мембранной (7ahl, 1nqe), а может с ней соединятся петлями(3pik).
б)
| PDB код | Число цепей | Тип
(спираль, баррель) |
Число трансмембранных участков в цепи | Число остатков в одном трансмембранном участке
(типичное, минимальное, максимальное) |
(*) Толщина мембраны в ангстремах
(расстояние между атомами на границах трансмембранных участков |
| 1zcd | 1 | спираль | 12 | 16-17,14,18 | |
| 1nqe | 1 | баррель | 22 | 7, 6, 9 |
Принадлежит к классу CDF транспортёров (TC 2.A.4) Имеет 6 трансмембранных участков. Длина кадого трансмембранного участка - 21 а.о.
б) С помощью TMHMM
Программа нашла 6 трансмембранных участка. Длина первых четырёх участков - 23 а.о, пятого - 18, шестого - 19. То есть совсем не так, как в описании UniProt. Координаты участков тоже различаются на 2-3 позиции.
б) Сравнение с гомологом FIEF_ECOLI
Выравнивание в msf
| Число а.к. остатков | |
| Всего а.к. остатков в последовательности | 300 |
| Остатки, предсказанные TMHMM как локализованные в мембране (всего) | 129 |
| Правильно предсказали - совпадают с 3D предсказанием (true positives, TP) | 102 |
| Предсказали не то, что нужно (а.о. предсказаны как мембранные, а по данным 3D таковыми не являются, false positives, FP) | 27 |
| Правильно не предсказали ( не предсказаны, и по данным 3D не находятся в мембране, true negatives, TN) | 154 |
| Не предсказали то, что нужно (остатки по данным 3D находятся в мембране, false negatives, FN) | 17 |
| Чувствительность (sensivity) = TP / (TP+FN) | 0,86 |
| Специфичность (specificity) = TN / (TN+FP) | 0,85 |
| Точность(precision) = TP /(TP+FP) | 0,79 |
| Сверхпредсказание = FP/ (FP+TP) | 0,21 |
| Недопредсказание = FN / (TN+FN) | 0,1 |