Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательнсотям

Правильное дерево:

Я реконструировала дерево программой fdnapars. Программа выдала два дерева:


                                                                        
              +---STAA1                          +---GEOKA              
           +--6                                  |                      
        +--5  +---LISMO                    +-----3     +--STAA1         
        |  |                               |     |  +--6                
        |  +--GEOKA                        |     |  |  +--LISMO         
  +-----3                                  |     +--5                   
  |     |  +---PEDPA                       |        |  +---PEDPA        
  |     +--4                               |        +--4                
  |        |  +---STRPN                    |           |  +---STRPN     
  |        +--2                            |           +--2             
  |           +---LACLM                    |              +---LACLM     
  |                                        |                            
  1--CLOTE                                 1--CLOTE                     
  |                                        |                            
  +-CLOB1                                  +-CLOB1

Как видно, деревья не совпадают с правильным. Причём оба не совпадают положением листа GEOKA. Таким образом, ни одним сопособом реконструкции не удалось установить правильное взаимное расположение GEOKA, LISMO и STAA1, однако fdnapars единственной удалось хотя бы выделить GEOKA, LISMO, STAA1 в отдельную правильную ветвь - {GEOKA, LISMO, STAA1} против {CLOB1, CLOTE, STRPN, LACLM, PEDRA}. Из-за этого, результат работы fdnapars мне показался наиболее удачным.

Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

Находки Blast:


   Subject id        % identity   e-value   bit score 
                                 
sp|A7FYI1|CLPX_CLOB1	71.75     5e-157	 549  
sp|Q891J8|CLPX_CLOTE	71.93	  7e-159	 555  
sp|A7X396|CLPX_STAA1	71.50	  1e-161	 564  
sp|Q8Y7K9|CLPX_LISMO	82.42	  0.0   	 632  
sp|Q03F27|CLPX_PEDPA	67.87	  4e-152	 533  
sp|Q8GJP6|CLPX_LACLM	68.64	  2e-149	 524  
sp|P63791|CLPX_STRPN	66.92	  6e-143	 502  
sp|Q8Y7J8|HSLU_LISMO	45.63	  2e-20	         95.5 
sp|A7X1N1|HSLU_STAA1	42.98	  1e-19	         92.8 
sp|Q5L0N1|HSLU_GEOKA	42.72	  1e-19	         92.4

Реконструкция дерева программой fprotpars

                                                  
 

                       +-----HSLU_LISMO
           +-----------9  
           !           !  +--HSLU_GEOKA
           !           +--8  
           !              +--HSLU_STAA1
     +-----7  
     !     !              +--CLPX_CLOTE
     !     !           +--6  
     !     !        +--5  +--CLPX_CLOB1
     !     !        !  !  
  +--3     +--------4  +-----CLPX_LISMO
  !  !              !  
  !  !              +--------CLPX_STAA1
  !  !  
  1  !                    +--CLPX_STRPN
  !  +--------------------2  
  !                       +--CLPX_LACLM
  !  
  +--------------------------CLPX_PEDPA

Ортологи: CLPX_STRPN и CLPX_LACLM; CLPX_CLOTE и CLPX_CLOB1; HSLU_GEOKA и HSLU_STAA1.
Паралоги: HSLU_STAA1 и CLPX_STAA1; HSLU_LISMO и CLPX_LISMO.