На страницу седьмого семестра
Мой белок из первого семестра - HUTP_BACSU. Это транскрипционный фактор оперона hut у бактерии Bacillus subtilis.
PDB ID структуры белка - 1wmq.
1. Поиск гомологов
Для поиска гомологов был использован BLAST по банку PDB. Из 13 находок было 11 структур этого же белка с E-value = e-80 и две структуры с E-value = 2 и E-value = 8.
Из этого можно сделать вывод, что гомологов с разрешенной структурой у белка HUTP_BACSU нет.
В таблице представлены 11 структур белка HUTP_BACSU. Они различаются разрешением (от 1.48 до 2.80 Ангстрем),
наличием РНК в комплексе, связанными лигандами, качеством структуры (соотношением R и R-free факторов). Классификации SCOP или CATH для этого белка нет,
но есть домен в Pfam (ID: HutP).
2. Выравнивание с полной последовательностью белка из UniProt
В pdb последовательности нет первого метионина и 51-й валин заменён на изолейцин.
3. Анализ статьи
Structural basis of HutP-mediated anti-termination and roles of the Mg2+ ion and L-histidine ligand
(2005) Thirumananseri Kumarevel, Hiroshi Mizuno, Penmetcha K. R. Kumar.
HutP - регулятор транскрипции опрерона hut, ответственного за деградацию L-гистидина. Регуляция происходит по механизму антитерминации. Однако последовательность белка hutP не
имеет гомологов среди РНК-связывающих белков. В этой работе были определены структуры комплекса hutP-РНК в присутствии различных лигандов. Оказалось, что белок формирует гексамер и связывает РНК в необычной, "треугольной" конформации.
Для связывания необходимо присутствие L-гистидина и двухвалентного иона металла.
Связывание гексамера hutP и РНК
Разрешение полученной структуры - 1.60 A.
Фазовая проблема решена методом молекулярного замещения
Было измерено 38 073 структурных факторов, из них 28 424 (74%) имеют силу сигнала больше 3.
R фактор = 0.225
R-free = 0.249
© Медведева