| Главная | Семестры | Проекты | Обo мне | Ссылки | Заметки | Назад к оглавлению |
PSI-BLAST
Выбраем белок и для его последовательности составляем семейство гомологов, используя PSI-BLAST:
Для выбора белка из предложенных 15, использую функцию RANDBETWEEN(1;15) Exel. Получаем число 6. Под этим числом стоит белок Q05121.
Данные по белку:
- ID белка: Q05121
-
Номер итерации Число находок выше порога равного 0.005 Индефикатор худшей находки выше порога E-value этой находки Индефикатор лучшей находки ниже порога E-value этой находки 1 37 YP_001036413.1 1e-21 WP_008200245.1 0.41 2 37 NP_037880.1 3e-59 YP_003422392.1 0.014 3 37 NP_203587.1 9e-60 YP_003422392.1 0.015 4 37 NP_203587.1 6e-60 YP_003422392.1 0.031 5 42 NP_068264.1 4e-07 WP_008446419.1 0.093 6 43 YP_006293.1 0.001 WP_008446419.1 0.11 7 46 YP_003429372.1 0.003 NP_891902.1 0.008 8 51 NP_872503.1 0.002 WP_005375994.1 0.098 9 51 NP_891902.1 2e-21 WP_008810536.1 0.27 10 51 NP_891902.1 7e-24 WP_008810536.1 0.38 11 51 NP_891902.1 7e-24 WP_008810536.1 0.43 12 51 NP_891902.1 7e-24 WP_008810536.1 0.46 13 51 NP_891902.1 5e-24 WP_008810536.1 0.37 - Хотели добиться стабилизации результата очередной итерации для того, чтобы список находок выше порога совпал со списком последовательностей, поданных на вход.
- Для выбора последовательностей для последующей итераций было значимо:
- Изменение е-value соседних находок
- Описание находок
- Их таксономия
- Выравнивание
Итерации по белку:
Для 5 итерации была сделана поправка: были включены 2 последовательности из "плохих", т.к. несмотря на большой e-value, изображение выравнивая было довольно таки "неплохим". Различие в степенях между самым "лучшим из плохих" и "худшим из хороших" результатами после последней (13) итерациями составляет 23 порядка.
Для выбранных таким образом предполагаемых гомологов было сохранено выравнивание - его можно скачать тут
