Поисковые системы

Особенности (features) моего белка (AC: O34928):

  1. сигнальный пептид (SIGNAL), он находится с 1 по 23 а.о.(длина: 23 а.о.).
  2. спираль (HELIX) - с 46 по 54 а.о.(длина: 9 а.о.).
  3. часть бета-листа (STRAND) - с 96 по 99 а.о. (длина: 4 а.о.).
  4. если вы хотите узнать больше информации о третичной структуре этого белка, то перейдите по ссылке

Описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к моему белку:

У моего белка в Uniprot (ссылка на uniprot) есть 4 структуры в PDB* databases: 1NY1, 1W17, 1W1A и 1W1B.

Полноразмерные и нет белки из Firmicutes, выполняющие функцию, сходную с функцией моего белка.

Можете посмотреть таблицу встречаемости в SwissProt белков из Firmicutes , имеющих функцию, сходную с функцией белка PDAA_BACSU из Bacillus subtilis

Номер Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
1 polysaccharide deacetylase (синоним Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase) ([swissprot-Organism:Firmicutes*] & (([swissprot-Description:PDAA*] | [swissprot-Description:polysacchar*]) & [swissprot-Description:deacetylase*])). В данном запросе нас интересуют все белки (и полноразмерные и нет). На практике же оказывается, что все эти 13 последовательностей белков Firmicutes полноразмерные. 13
2 polysaccharide deacetylase (синоним Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase) [swissprot-Organism:Firmicutes*] & ((([swissprot-Description:PDAA*] | [swissprot-Description:polysacchar*]) & [swissprot-Description:deacetylase*]) ! [swissprot-Description:fragment*])) 13

Полноразмерные последовательности 10 найденных белков по запросу 1 или 2 в fasta формате вы найдете здесь.

Информация о полноразмерных последовательностях 10 найденных белков по запросу 1 или 2 в формате Exсel таблицы, в которой указаны база данных, ID, AC последовательностей, организм (Species), название белка (Description) и длина последовательности, вы найдете здесь.

Источники информации

© Tishina Sofia, 2012