| Главная | Семестры | Проекты | Обo мне | Ссылки | Заметки | Назад к оглавлению |
Uniprot
- Uniprot - это каталог информации о белках, этот каталог содержит их последовательности, информацию о функциях, таксономию и другое. Uniprot состоит из 2 частей: TrEMBL, в которой лежит значительно большая часть информации и которая была редактирована только автоматически (в ней могут быть существенные ошибки, т.к. эта часть не подвергалась проверки специалистами) и Swiss-Prot, которая меньше, проверенная и в которую информация добавляется вручную. Если хотите, можете сами изучить каталог: uniprot.
- на данной странце (и в некоторых ссылках с нее) будет приведенна инфомация о моем белке (PDAA_BACSU) и его ортологах (ортолог - гомологичный, в биологии так называют сопоставимые части сравниваемых биологических объектов).
Ортологи выбирались мной по гомологичности функции (polysaccharide deacetylase - полисахаридная дезацетилаза). Ортолог из банка Swiss-Prot: PDAB_BACSU и из банка TrEMBL: B9IXV4_BACCQ. У моего белка нет ортологов, которые одновременно были бы из банка Swiss-Prot, принадлежали роду Bacillus и другому виду (не subtilis), поэтому ортолог из Swiss-Prot находится в том же организме, что и pdaA.
Сравнить белок и его гомологи можно с помощью сводной таблицы, которую можно скачать и посмотреть, пройдя по ссылке: таблица
Сравнение числа предполагаемых ортологов в базах данных Swissprot и TrEMBL
В базе данных Swissprot количество предполагаемых ортологов будет существенно меньше, чем в TrEMBL, т.к., как упоминалось выше, в трембл данные попадают автоматически, без "ручной" проверки ученым, в отличии от базы данных Swissprot. Результаты моего маленького эксперимента вы можете увидеть на изображении 1.
 |
Рис. 1. Результат поиска ортологов белка PDAA_BACSU. Для поиска выбирались такие запросы как: таксономия (Bacillus) и имя белка polysaccharide deacetylase (полисахаридная дезацетилаза). |
