EMBOSS

1. Программа getorf пакета EMBOSS

Программа getorf извлекает из нуклеотидной последовательности открытые рамки считывания (ОРС).

Создадим в своей дирректории файл с записью D89965 банка EMBL: entret embl:D89965 -auto.

Запустим программу getorf с параметрами (командой tfm getorf ищем параметры), которые удолетворяют:

    1) набор трансляций всех ОРС последовательности, которые определены при использовании стандартного кода (-table 0)
    2) длина не менее 30 аминокислотных остатков (-minsize 90, 90 тк считает нуклеотиды)
    3)начинаются со старт-кодона (или начала последовательности) и заканчиваются стоп-кодоном (или концом последовательности) (-find 1)

Команда: getorf d89965.entret -table 0 -minsize 90 -find 1

Получаем файл d89965.orf

Определим, какая из найденных открытых рамок соответствует (полностью или частично) приведённой в поле FT кодирующей последовательности (CDS). В EMBL: FT CDS 163-435. Ей соответствует третья ОРС:

   >D89965_3 [163 - 432] Rattus norvegicus mRNA for RSS, complete cds.
   MALMHFQFTFKQFEQRKSIRSTARKARDDFVVVQTADLFHVAFHYGIAQRGLTITSDDHM
   AVTAYAYYSCHELTPWLRIQSTNPVQKYGA

Запись Swiss-Prot, на которую ссылается данная запись EMBL, полученная командой seqret sw:p0a7b8.

Выясним какой из полученных открытых рамок соответствует полученная последовательность hslv_ecoli.fasta. Для этого, чтобы не искать "глазами", запустим команду: blastp -query hslv_ecoli.fasta -subject d89965.orf -out blastp_result.out:

  
 	  Query= HSLV_ECOLI P0A7B8 ATP-dependent protease subunit HslV (3.4.25.2)
	 (Heat shock protein HslV)

	 Length=176

	 Subject= D89965_5 [294 - 1] (REVERSE SENSE) Rattus norvegicus mRNA for RSS, complete cds.

	 Length=98


 	  Score =  200 bits (509),  Expect = 4e-71, Method: Compositional matrix adjust.
	  Identities = 98/98 (100%), Positives = 98/98 (100%), Gaps = 0/98 (0%)

	 Query  28   MKGNVKKVRRLYNDKVIAGFAGGTADAFTLFELFERKLEMHQGHLVKAAVELAKDWRTDR  87
    	         MKGNVKKVRRLYNDKVIAGFAGGTADAFTLFELFERKLEMHQGHLVKAAVELAKDWRTDR
	 Sbjct  1    MKGNVKKVRRLYNDKVIAGFAGGTADAFTLFELFERKLEMHQGHLVKAAVELAKDWRTDR  60

	 Query  88   MLRKLEALLAVADETASLIITGNGDVVQPENDLIAIGS  125
			     MLRKLEALLAVADETASLIITGNGDVVQPENDLIAIGS
	 Sbjct  61   MLRKLEALLAVADETASLIITGNGDVVQPENDLIAIGS  98

Заметим, что запись D89965 банка EMBL по описанию содержит мРНК серой крысы, в то время как, запись в банке SwissProt на которую ссылаются авторы этой записи принадлежит E.coli. Интересно, как такое могло произойти? Скорее всего авторы записи в банке EMBL допустили ошибку, проводя анотацию полученной последовательности и их крыса (крысы) были заражены кишечной палочкой, что не удивительно, ведь кишечная палочка очень распространенная бактерия, не даром же ее используют как хороший модельный объект. Осталось выяснить почему в банке EMBL этот промах никак не исправлен. А не исправлен он потому, что в банке EMBL поправить запись может только ее автор, а в банке SwissProt записи проверяются и редактируются.


2. Файлы-списки

С помощью программ пакета EMBOSS:


3. EnsEMBL

Портал EnsEMBL (читается "ансамбль", от французского слова "ensemble" отличается написанием, намекающим на банк EMBL) предназначен для визуализации известной информации о геномах человека и животных.

Поищем информацию о гене TM50B_HUMAN человека. Получим последовательность всего гена,кодирующего данный белок.

Поищем ген в человеческом геноме на портале EnsEMBL сервисом "BLAST/BLAT". Что получили?

Этот блок носит название "Alignment Locations vs. Karyotype", в нем находится информация о расположении гена, кодирующего выбранный траспортный белок (TM50B_HUMAN), на хромосоме. Судя по изображению, ген находится на большом плече 19 хромосомы. А вот что означают стрелочки на других хромосомах до конца не ясно, но возможно они указывают на достаточно хорошо выровненные участки, т.е. имеющие близкую последовательность с геном. "Полосатость" хромосом, скорее всего, указывает схематичное изображение экзон-интронной структуры, но тогда не понятно, почему участок кодирующий белок светло-серый.. Скорее всего это именно "схематичное" изображение.

В этом разделе, назвающимся "Alignment Locations vs. Query" приведена информация о самом выравнивании, и видно, что на участке 300 наблюдается высокий уровень консервативности. HSP - это high-scoring segment pair, поэтому получается, что попарное выравнивание приведено для различных, наиболее "удачных", близких по последовательности участков. Это подтвердается следущим изображением.

На этом изображении, которое находится в последнем разделе "Alignment Summary" приведена в табличном виде информация о выравнивании гена с различными хромосомами. В этой таблице можно наверху выбирать интересующие строки, и тем самым редактировать под свои нужды таблицу. Какую "различную" информацию можно узнать из этой таблицы?

Посмотрим более подробно, что мы можешь увидеть по ссылке С "Contig view".

Чего только нельзя! Эта ссылка позволяет нам смотреть на хромосому с различным приближением (буквально). Мы можем:

© Tishina Sofia, 2013