Онлайн BLAST

1. Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности

Заданный 300-нуклеотидный фрагмент:

  
	>18
	gtatgcgaagcctgcgtaccatgtataacatatggaacgtagacaaaaactccgtggtca
	acgtatgctgcctactacaacaggcgcagagagaagctgttgcaattgcaagtcatatca
	gcgaatacgacgcaaacacttttcgaaaaacgcctcattataacttgctcaagtaccagg
	ttgctgacagtcaaggcaagaacaaggaatacctcgtgcatagtaaaataaaagcgatgg
	ctggtgaaatagaaaaagttctgccaagtatatcaagcataatagcgaagaagagcgggc

По нему с используя программу megablast, определяем к какому организму принадлежит данный фрагмент и некоторую другую информацию:

Организм: Anaplasma marginale
AC записи RefSeq: YP_153445.1
Координаты фрагмента в этой записи: 1145-1444
Фрагмент предположительно кодирует белок (Hypothetical protein), а в заметках написано, что название у него Glimmer 2

2. Поиск гомолога белка человека в слоне

С помощью команды infoseq sw:t*_human -only -name -desc -out t_protein.txt получила файл с названиями и краткой информацией о белках, которые начинаются на первую букву моей фамилии. Выбрала белок TM50B_HUMAN. И с помощью команды seqret sw:TM50B_HUMAN -auto получила файлс последовательностью трансмембранного белка:

	>TM50B_HUMAN P56557 Transmembrane protein 50B (HCV p7-trans-regulated protein 3)
	MAGFLDNFRWPECECIDWSERRNAVASVVAGILFFTGWWIMIDAAVVYPKPEQLNHAFHT
	CGVFSTLAFFMINAVSNAQVRGDSYESGCLGRTGARVWLFIGFMLMFGSLIASMWILFGA
	YVTQNTDVYPGLAVFFQNALIFFSTLIYKFGRTEELWT

На сайте ENA проведем поиск гомолога этого белка в геноме африканского слона (Loxodonta africana):

e-value лучшей находки: 1E-69
длина полученного выравнивания: 125
identity полученного выравнивания: 99 (это очень хорошо)
координаты найденного гена в геноме слона: 22505754-22514989
количество интронов в данном гене слона: 3

3. Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST

Найдем и вырежем в отдельный файл последовательность тРНК из генома Beijerinckia_indica.

Затем проведем поиск гомологов данной последовательности по всем бактериям, относящимся к тому же порядку (Rhizobiales) разными способами(через двоеточие указано число находок с e-value < 0,001):

алгоритмом megablast:
алгоритмом blastn с параметрами по умолчанию:
алгоритмом blastn с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1:

4*. Сравнение программ BLASTN и MegaBLAST.