| Главная | Семестры | Проекты | Обo мне | Ссылки | Заметки | Назад к оглавлению |
Классификация ферментов (EC)
Сбор информации о ферменте Q9BZP6(CHIA_HUMAN):
EC (Enzyme Commission) number определяет иерархическую классификацию ферментов.Краткое описание изображено на рис.1:
- EC-код своего фермента определим с помощью http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/ : EC 3.2.1.14
- Расшифруем EC-код и переведем на русский активность, соответствующую каждому из четырех чисел кода с помощью рис.1. Класс -3- гидролазы, подкласс -2- гликозилазы, подподкласс -1- гликозидазы (гидролиз O- и S- соединений), подрядковый номер -14- хитиназы.
- Приведем схему основной реакции, катализируемую ферментом:
Так же фермент катализирует и другие реакции. Вот некоторые из них:
Chitin + H2O <=> N-Acetyl-D-glucosamine + Chitin
Chitin + H2O <=> N-Acetyl-D-glucosaminide + Chitin
Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?
- С таким же классом: 1588
- С таким же классом и подклассом: 80
- С таким же классом, подклассом и подподклассом: 73
- С таким же классом, подклассом, подподклассом и порядковым номером: 2
Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?
- С помощью UniProt получим список всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс (т.е., первое число) классификации EC совпадает с таковым моего фермента. Получим: файл с последовательностями в Fasta-формате и текстовую таблицу, в которой против ID каждого белка указан его полный EC-код.
- С таким же классом: 1454
- С таким же классом и подклассом: 82
- С таким же классом, подклассом и подподклассом: 65
- С таким же классом, подклассом, подподклассом и порядковым номером: 2
- Пользуясь программой blastp, найдем среди белков, найденных в предыдущем пункте, сходные по последовательности с моим ферментом. Порог по e-value поставим равным 1.
Всего нашелся 121 хит. Среди них можно считать 4 достоверными.
Выдача бласта (рис.2):
Как видно из рис. 2, только о четырех находках имеет смысл говорить. Создадим таблицу, которая бы отражала, насколько сохраняется функция в зависимости от позиции находки в выдаче blastp:
| ID белка | E-value | EC | Совпадение по классификации |
| CHIA_MOUSE | 0.0 | 3.2.1.14 | Полное совпадение |
| CHIT1_MOUSE | 6e-169 | 3.2.1.14 | Полное совпадение |
| CHIL3_MOUSE | 0.0 | 3.2.1.52 | Не совпадет только порядковый номер |
| DIAC_MOUSE | 2e-16 | 3.2.1.- | Не известен порядковый номер |
