Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)

Определим, в каких метаболических путях участвует фермент Q9BZP6 (CHIA_HUMAN)

Индификатор фермента Q9BZP6 (CHIA_HUMAN) hsa:27159. Для этого фермента указан только один метаболический путь, а именно метаболический путь аминокислот и нуклеотидов: hsa00520

Найдем в KEGG структурные формулы L-треонина и L-изолейцина

С главной страницы KEGG > KEGG2 > KEGG LIGAND

Название на русском	Название на английском	Индефикатор	Структура
L-треонин	L-Threonine	C00188
L-изолейцин	L-Isoleucine	C00407

Найдем метаболический путь от L-треонина к L-изолейцину

С главной страницы KEGG > KEGG PATHWAY > Search&Color Pathway

Выбранная цепочка ферментативных реакций

Карта: ko01230 Biosynthesis of amino acids (биосинтез амино кислот)

Путь: L-треонин(red)->2-oxobutanoate(yellow)->(S)-2-aceto-2-hydroxybutanoate(yellow)<->(R)-2,3-dihydroxy-3-methylpentanoate(yellow)->(S)-3-methyl-2-oxopentanoic acid(yellow)<->L-изолейцин(green)

Изображение выбранного пути показано на рисунке 1.

Рис. 1. Метаболический путь. Красным изображен L-треонин (начальное соединение), зеленым L-изолейцин (конечное соединение), а желтым все промежуточные соединения.

Мое мнение о KEGG

KEGG оказывается очень удобным для работы, его интуитивно понятный интерфейс способствует работе. Мне понравилось, что можно посмотреть структуры различных молекул, метаболитные пути, в которых участвует интересующие меня молекулы, и составить таким образом картину происходящих реакций. На этом сервере можно даже воспользоваться аналитическими иструментами, такими как бласт, можно воспользоваться двумя алгоритмами предсказания ферментативных реакций для интересующего соединения (бактериальный и растительный), можно находить ортологов по метаболизму, организмам, клеточным процессам (рост клеток и смерть клеток, транспорт, катаболизм и др.) и даже человеческим заболеваниям (эндокринной системы, рака, инфекционным и массе других)! Можно даже брать предпологаемые пути и проверять их на практике. В общем, на этом сервере есть что посмотреть. Единственный найденный мною минус в том, что очень долго загружаются страницы. Это неприятно.

Источники информации:

Сервер kodomo ФББ МГУ им. Ломоносова