Знакомство с UniProt.
Основная цель практикума - ознакомиться с базой данных Uniprot, освоить основные методы работы с работой с ней.
Получение информации о белке ALF1_THETK
В базе данных Uniprot была найдена информация о белке Fructose-bisphosphate aldolase class 1, который был получен из бактерии Thermoproteus tenax Kra 1 . Полученная информация представлена в таблице 1:
| UniProt ID | UniProt AC | RefSeq ID | PDB ID | Длина белка (а.о.) | Молекулярная масса (Да) | Рекомендуемое название |
|---|---|---|---|---|---|---|
| ALF1_THETK | P58315 | WP_014127167.1 | 1OJX;1OK4;1OK6;1W8S;2YCE | 263 AA | 28705 MW | Fructose-bisphosphate aldolase class 1 |
Поиск белка ALF1_THETK в UniRef
По идентификатору белка был выполнен поиск в базе данных UniRef. Таким образом мы можем понять сколько существует белковых последовательностей, похожих друг на друга и на сколько процентов они совпадают. Всего есть три основных кластера схожести 100%, 90% и 50%. Также можно сделать вывод об изменении длин белковых последовательностей. Полученная информация представлена в таблице 2:
| Раздел UniRef | ID кластера | Название кластера | Размер кластера |
|---|---|---|---|
| UniRef100 | UniRef100_P58315 | Fructose-bisphosphate aldolase class 1 | 1 |
| UniRef90 | UniRef90_P58315 | Fructose-bisphosphate aldolase class 1 | 3 |
| UniRef50 | UniRef50_P58315 | Fructose-bisphosphate aldolase class 1 | 59 |
Количество белков в кластере (При переходе от UniRef100 к Uniref50) резко растет. Отсюда можем предположить, что последовательность белка подвержена изменениям и не является консервативной. При этом длина последовательности остается неизменной (равна 263, по данным UniRef)..
Сеансы поиска в UniProt.
Для знакомства с базой данной UniProt были проведены следующие сеансы поиска:
Поиск фруктозо-бисфосфат-альдолазы класса 1
-
Поиск по рекомендованному названию своего белка
Текст запроса: "name:"fructose-bisphosphate aldolase class 1""
Количество находок в Swiss-Prot: 44
Общее количество находок: 3343
-
Поиск по названию среди белков Thermoproteus tenax Kra1
Текст запроса: "name:"fructose-bisphosphate aldolase class 1" organism:"thermoproteus tenax strain atcc 35583 dsm 2078 jcm 9277 nbrc 100435 kra 1""
Количество находок в Swiss-Prot: 1
Общее количество находок: 1
-
Поиск по названию среди белков из организмов семейства Thermoproteaceae
Текст запроса: "name:"fructose-bisphosphate aldolase class 1" taxonomy:thermoproteaceae"
Количество находок в Swiss-Prot: 1
Общее количество находок: 1
-
Поиск по названию среди белков из организмов отдела Thermoproteus
Текст запроса: "name:"fructose-bisphosphate aldolase class 1" taxonomy:thermoproteus"
Количество находок в Swiss-Prot: 1
Общее количество находок: 1
Поиск цитохромов
-
Поиск цитохромов без органичения на организмы
Текст запроса: "name:cytochrome "
Количество находок в Swiss-Prot: 7713
Общее количество находок: 2578674
-
Поиск цитохромов в позвоночных
Текст запроса: "name:cytochrome taxonomy:vertebrata"
Количество находок в Swiss-Prot: 2938
Общее количество находок: 317449
-
Поиск цитохромов в зелёных растениях
Текст запроса: "name:cytochrome taxonomy:viridiplantae "
Количество находок в Swiss-Prot: 1511
Общее количество находок: 78986
Поиск трипсинов
-
Поиск по слову "трипсин"
Текст запроса: "name:trypsin "
Количество находок в Swiss-Prot:312
Общее количество находок: 23018
-
Поиск трипсинов, исключая их ингибиторы
Текст запроса: "name:trypsin NOT name:inhibitor"
Количество находок в Swiss-Prot: 101
Общее количество находок: 18270
Данный поиск позволяет оценить число белков различных классов в разных группах организмов.