Результаты глобальных и локальных выравниваний гомологичных и негомологичных белков приведены в таблице. таблица. По результатам можно заметить, что гомологичные пары отличаются от негомологичных большим количеством очко и у них более высокий процент одинаковых и схожих аминокислот. Еще в глобальном выравнивании количество пропусков у гомологичных пар много меньше,а в локальном выравнивании такой большой разницы не видно. Но в локальном выравнивании негомологичных белков хотя бы у одного из белков процент покрытия сильно ниже, чем в среднем у гомологичных.
Как видно из картинки, парные выравнивания достаточно схожи, так как алгоритмы их построения похожи. (но отличаются областью, по которой строится выравнивание). Множественное выравнивание существенно отличается, так как там выравниваются также и другие последовательности, вследствие чего лучше проявляется гомологичность (на парных выравниваниях немало одинаковых аминокислот, которые просто случайно оказались друг под другом). Можно заметить отличие между первым и третьим выравниваением: аминокислота P в начале верхенего выравнивания находится после гэпов, а в нижнем выравнивании до двух гэпов. В нижнем выравнивании есть гэп между N и I на 75 позиции, а в верхнем такого нет.