В этом практикуме я буд искать гомологи белка QnrB96 бактерии Scandinavium goeteborgense. По этому запросу была получена 21 запись.
В параметры я включила: поиск по SwissProt, количество находок 5000, word-size - 3 (пришлось изменить, так как при значении 5 находилось всего 4 записи). Также я исключила свою бактерию Scandinavium goeteborgense в меню Organism, чтобы не искать свой же белок.
После проведения множественного выравнивания 3 белка оказались негомологичными (YMO3_PANSE, Y1819_SYNY3, FIP2_ARATH). Скорее всего это последствия процесса конвергенции, так как они принадлежат совершенно другим группам (например Cyanobacteria и вообще другое царство Eukaryota), нежели QnrB96. Белок QnrB4 бактерии E.Coli принадлежит тому же семейству, что и хинолон, а также имеет процент идентичности 89%, судя по парному выравниванию в выдаче запроса, и много консервативных участков (например: 269-272, 289-292, 296-299, 311-315), что указывает на гомологичность. Белок Qnr_VIBPA, несмотря на то, что принадлежит к другому порядку (Vibrionales), имеет достаточное количество консервативных участков, процент идентичности 43% и выполняет ту же функцию, поэтому я решила его оставить.Выравнивание.