Гомология и выравнивание семейства доменов белков АТФ-аз, связанного с различными видами клеточной деятельности (ААА).


Описание семейства доменов


Таблица 1.Информация о семействе AAA из Pfam
Характеристика Информация
AC PF00004
ID AАА
#summary name ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
#seed 207

Описание выравнивания seed


Так как в выравнивании seed 207 последовательностей (большое и не очень удобное для визуального анализа), для поиска максимальных достоверных блоков я взяла выравнивание только первых 20 последовательностей

Таблица 2.Результаты выравнивания seed.
Выравнивание seed 207 последовательностей, 253 колонки
Максимальный достоверный блок, включающие все последовательности (МДБ-all) 1-19
100% консервативные колонки в МДБ-all 5:G, 6:P, 8:G, 10:G, 11:K
Максимальный достоверный блок, включающий не все последовательности. (МДБ-notAll) Колонки 1-22, последовательности все, кроме KTNA1_CAEEL, SAP1_YEAST, TBP6_YEAST, O64630_ARATH (1-16)
100% консервативные колонки в МДБ-notAll 2:L, 5:G, 6:P, 8:G, 10:G, 11:K
Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков col:94-98, row:131-135 или col:52-55, row:131-135
Проект Jalview