Белки семейства ААА часто выполняют функции, схожие с функциями шаперонов, помогая в сборке, работе и разборке белковых комплексов. Они также имеют гексамерную архитектуру, которая может образовывать отверстие, через которое могут проходить ДНК и РНК молекулы. Это может быть важно для сборки и ремоделирования ДНК-белковых комплексов. Семейство доменов AAA наиболее распространено среди эукариот.
PFAM
Описание семейства доменов
| Характеристика | Информация |
| AC | PF00004 |
| ID | ATPase family associated with various cellular activities (AAA) |
| #SEED | 207 |
| #All | 491k |
| #SW | 2k |
| #architectures | 5205 |
| #3D | 757 |
| #eukaryota | 267898 |
| #archaea | 7530 |
| #bacteria | 210432 |
Карта локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой
| Доменная архитектура 1 | PF00004 - PF07724 |
| Белок с архитектурой 1 | P43773 |
| Доменная архитектура 2 | PF00004 - PF21960 - PF08542 |
| Белок с архитектурой 2 | P40348 |
Выравнялся домен AAA (53-137 у P43773 и 61-188 у P40348), при этом мы видим, что очень хорошо выровнялся и участок до. Это свидетельствует о высокой степени гомологии между белками. Имеется участок делеции