Матрица переходов
Параметры построения матрицы переходов: вес совпадения = 2, вес замены = -1, штраф за делецию = -2.
1) Глобальная матрица переходов
Матрица строилась для следующих последовательностей: IRQII и RQI.
В соответствии с полученной матрицей выходит выравнивание:
1) Локальная матрица переходов
Матрица строилась для следующих последовательностей: EAEARPTNF и AETNF.
В соответствии с полученной матрицей выходит выравнивание:
/Оптимальный путь/ /Субоптимальный путь/
Вес оптимального пути=6
Вес субоптимального пути=4
Было построено локальное выравнивание последовательностей:
>P00962|SYQ_ECOLI
SEAEARPTNFIRQIIDEDLASGKHTTVHTRFPPEPNGYLHIGHAKSICLNFGIAQDYKGQ CNLRFDDTNPVKEDIEYVESIKNDVEWLGFHWSGNVRYSSDYFDQLHAYAIELINKGLAY VDELTPEQIREYRGTLTQPGKNSPYRDRSVEENLALFEKMRAGGFEEGKACLRAKIDMAS PFIVMRDPVLYRIKFAEHHQTGNKWCIYPMYDFTHCISDALEGITHSLCTLEFQDNRRLY DWVLDNITIPVHPRQYEFSRLNLEYTVMSKRKLNLLVTDKHVEGWDDPRMPTISGLRRRG YTAASIREFCKRIGVTKQDNTIEMASLESCIREDLNENAPRAMAVIDPVKLVIENYQGEG EMVTMPNHPNKPEMGSRQVPFSGEIWIDRADFREEANKQYKRLVLGKEVRLRNAYVIKAE RVEKDAEGNITTIFCTYDADTLSKDPADGRKVKGVIHWVSAAHALPVEIRLYDRLFSVPN PGAADDFLSVINPESLVIKQGFAEPSLKDAVAGKAFQFEREGYFCLDSRHSTAEKPVFNR TVGLRDTWAKVGE
и
RPTNFIRQIIPVFNRTVGLR
Вторая последовательность искусственно создана из двух небольших участков первой последовательности: 6-15 и 537-544.
Соответствующие локальные выравнивания:
540
PVFNRTVGLR
::::::::::
seq3 PVFNRTVGLR
20
10
RPTNFIRQII
::::::::::
seq3 RPTNFIRQII
10
Матрица: EBLOSUM62 Штраф за открытие гэпа = 1 Штраф за продолжение гэпа = 1 1 SEAEARPTNFIRQIIDEDLASGKHTTVHTRFPPEPNGYLHIGHAKSICLN 50 seq3 1 0 51 FGIAQDYKGQCNLRFDDTNPVKEDIEYVESIKNDVEWLGFHWSGNVRYSS 100 seq3 1 0 101 DYFDQLHAYAIELINKGLAYVDELTPEQIREYRGTLTQPGKNSPYRDRSV 150 seq3 1 0 151 EENLALFEKMRAGGFEEGKACLRAKIDMASPFIVMRDPVLYRIKFAEHHQ 200 seq3 1 0 201 TGNKWCIYPMYDFTHCISDALEGITHSLCTLEFQDNRRLYDWVLDNITIP 250 seq3 1 0 251 VHPRQYEFSRLNLEYTVMSKRKLNLLVTDKHVEGWDDPRMPTISGLRRRG 300 seq3 1 0 301 YTAASIREFCKRIGVTKQDNTIEMASLESCIREDLNENAPRAMAVIDPVK 350 seq3 1 0 351 LVIENYQGEGEMVTMPNHPNKPEMGSRQVPFSGEIWIDRADFREEANKQY 400 seq3 1 0 401 KRLVLGKEVRLRNAYVIKAERVEKDAEGNITTIFCTYDADTLSKDPADGR 450 seq3 1 0 451 KVKGVIHWVSAAHALPVEIRLYDRLFSVPNPGAADDFLSVINPESLVIKQ 500 seq3 1 0 501 GFAEPSLKDAVAGKAFQFER-EGYFCLDSRHSTAEKPVFNRTVGLRDTWA 549 | .. | : | ... |||||||||| seq3 1 RPTN-F-I--R-QII--PVFNRTVGLR 20 550 KVGE 553 seq3 21 20 Матрица: EBLOSUM62 Штраф за открытие гэпа = 10 Штраф за продолжение гэпа = 1 1 SEAEARPTNFIRQIIDEDLASGKHTTVHTRFPPEPNGYLHIGHAKSICLN 50 ||||||||||.. .:.||..| seq3 1 RPTNFIRQIIPV-----FNRTVGLR 20 51 FGIAQDYKGQCNLRFDDTNPVKEDIEYVESIKNDVEWLGFHWSGNVRYSS 100 seq3 21 20 101 DYFDQLHAYAIELINKGLAYVDELTPEQIREYRGTLTQPGKNSPYRDRSV 150 seq3 21 20 151 EENLALFEKMRAGGFEEGKACLRAKIDMASPFIVMRDPVLYRIKFAEHHQ 200 seq3 21 20 201 TGNKWCIYPMYDFTHCISDALEGITHSLCTLEFQDNRRLYDWVLDNITIP 250 seq3 21 20 251 VHPRQYEFSRLNLEYTVMSKRKLNLLVTDKHVEGWDDPRMPTISGLRRRG 300 seq3 21 20 301 YTAASIREFCKRIGVTKQDNTIEMASLESCIREDLNENAPRAMAVIDPVK 350 seq3 21 20 351 LVIENYQGEGEMVTMPNHPNKPEMGSRQVPFSGEIWIDRADFREEANKQY 400 seq3 21 20 401 KRLVLGKEVRLRNAYVIKAERVEKDAEGNITTIFCTYDADTLSKDPADGR 450 seq3 21 20 451 KVKGVIHWVSAAHALPVEIRLYDRLFSVPNPGAADDFLSVINPESLVIKQ 500 seq3 21 20 501 GFAEPSLKDAVAGKAFQFEREGYFCLDSRHSTAEKPVFNRTVGLRDTWAK 550 seq3 21 20 551 VGE 553 seq3 21 20