BLAST - инструмент для быстрого поиска последовательностей в банках данных по гомологии
Для выполнения следующего задания, мы пользовались программой BLASTP

• Часть 1.Поиск белка Glutaminyl-tRNA synthetase по фрагменту его аминокислотной последовательности по банку данных Swiss-Prot.
  1) Был взят фрагмент длиной 30 аминокислотных остатков: 122 VDELTPEQIREYRGTLTQPGKNSPYRDRSV 151
  После поиска получены следующие результаты:
  Порядковый номер хита = 1
  Процент совпадающих остатков в выравнивании = 100%
  Вес выравнивания=64.3 bits(155)
  E-value = 5e-11
  2) Был взят фрагмент длиной 30 аминокислотных остатков, и 3 остатка были заменены на другие: 122 VDELWPEQIREYIGTLTQPGKNMPYRDRSV 151
  После поиска получены следующие результаты:
  Порядковый номер хита = 2
  Процент совпадающих остатков в выравнивании = 90%
  Вес выравнивания=57.8 bits (138)
  E-value = 6e-09
  3) Был взят фрагмент длиной 10 аминокислотных остатков: 352 LVIENYQGEG 361
  После поиска получены следующие результаты:
  Порядковый номер хита = 3
  Процент совпадающих остатков в выравнивании = 100%
  Вес выравнивания=25.8 bits (55)
  E-value = 25
  Чем короче последовательность, тем с большей вероятностью ее можно случайно встретить в базе данных. Соответственно, тем выше E-value.
  Процент совпадения 1 и 3 фрагментов с белком равен 100%, т.к. они идентичны фрагменту белка, с которым сравниваются. Процент совпадения 2 фрагмента с белком равен 90%, т.к. в фрагменте были заменены остатки.
• Часть 2. Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов?
  Для ответа на этот вопрос найдем последовательности, похожие на последовательность репрессора рибозного оперона RbsR из Bacillus subtilis: В BLAST было найдено 5 белков, выполняющих ту же функцию, но среди организмов, из которых эти белки выделены, был только один близкородственный. Также было найдено 10 близкородственных организмов, белки из которых выполняли другие функции, но процент совпадения последовательностей был очень низок. Значит, BLAST нельзя использовать для поиска ортологов.
Главная страница