Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей

Матрицы переходов

Глобальное выравнивание

Поледовательности, для которых строилась матрица переходов;
TDKL и LDKSM
Параметры, использовавшиеся при построении матрицы;
Вес гэпа -2
Вес замены -1
Вес совпадения 2
Картинка с матрицей переходов;

Выравнивание, соответствующие оптимальному пути;
TDKL-
LDKSM Вес оптимального пути.
0

Локальное выравнивание

Последовательности, для которых строилась матрица переходов;
TDKLTSLRQ и DKLRQ Параметры, использовавшиеся при построении матрицы;
Вес гэпа -2
Вес замены -1
Вес совпадения 2
Картинка с матрицей переходов;

Выравнивание, соответствующие оптимальному пути;
DKL LRQ
DKL LRQ
Вес оптимального пути.
6 и 6

Влияние параметров на глобальное выравнивание

Штраф за продолжение гэпа 1
Выравнивание 1:
Штраф за открытие гэпа 10

TALB_ECOLI         1 TDKLTSLRQYTTVVADTGDIAAMKLYQPQDATTNPSLILNAAQIPEYRKL     50
                                                                       
3                  1                                                         0

TALB_ECOLI        51 IDDAVAWAKQQSNDRAQQIVDATDKLAVNIGLEILKLVPGRISTEVDARL    100
                                                                       
3                  1                                                         0

TALB_ECOLI       101 SYDTEASIAKAKRLIKLYNDAGISNDRILIKLASTWQGIRAAEQLEKEGI    150
                                                                       
3                  1                                                         0

TALB_ECOLI       151 NCNLTLLFSFAQARACAEAGVFLISPFVGRILDWYKANTDKKEYAPAEDP    200
                                                               ..|...|.
3                  1                                           VVADTGDI      8

TALB_ECOLI       201 GVVSVSEIYQYYKEHGYETVVMGASFRNIGEILELAGCDRLTIAPALLKE    250
                     ..:.:||||||||||||                                 
3                  9 AAMKLSEIYQYYKEHGY                                      25

TALB_ECOLI       251 LAESEGAIERKLSYTGEVKARPARITESEFLWQHNQDPMAVDKLAEGIRK    300
                                                                       
3                 26                                                        25

TALB_ECOLI       301 FAIDQEKLEKMIGDLL    316
                                     
3                 26                      25

Выравнивание 2:
Штраф за открытие гэпа 1

TALB_ECOLI         1 TDKLTSLRQYTTVVADTGDIAAMKLYQPQDATTNPSLILNAAQIPEYRKL     50
                                                                       
3                  1                                                         0

TALB_ECOLI        51 IDDAVAWAKQQSNDRAQQIVDATDKLAVNIGLEILKLVPGRISTEVDARL    100
                                                                       
3                  1                                                         0

TALB_ECOLI       101 SYDTEASIAKAKRLIKLYNDAGISNDRILIKLASTWQGIRAAEQLEKEGI    150
                                                                       
3                  1                                                         0

TALB_ECOLI       151 NCNLTLLFSFAQARACAEAGVFLISPFVGRILDWYKANT-DKKEYAPAED    199
                                                   ::    |:| |   .| |  
3                  1                               VV----ADTGD---IA-A--     10

TALB_ECOLI       200 PGVVSVSEIYQYYKEHGYETVVMGASFRNIGEILELAGCDRLTIAPALLK    249
                        :.:||||||||||||                                
3                 11 ---MKLSEIYQYYKEHGY                                     25

TALB_ECOLI       250 ELAESEGAIERKLSYTGEVKARPARITESEFLWQHNQDPMAVDKLAEGIR    299
                                                                       
3                 26                                                        25

TALB_ECOLI       300 KFAIDQEKLEKMIGDLL    316
                                      
3                 26                       25

Суть отличий в том, что при более низком штрафе за открытие гэпа needle более охотно разделяет последовательность на куски в погоне за большим весом.