Матрицы весов аминокислотных замен

Множественное выравнивание блока из базы данных BLOCKS, отвечающего белку TALB_ECOLI

• Идентификатор - IPB001585C
  Ширина - 55
  Кол-во последовательностей - 240
• Ссылка на веб страницу блока
• Изображение множественного выравнивания:
  
• Пояснение к выравниванию:
  Красный цвет - >80% идентичности
  Желтый цвет - >60% идентичности
  Синий цвет - >40% идентичности
  Белый цвет - <40% идентичности

Веса аминокислотных замен

• Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественного выравнивания блока IPB001585C из базы данных BLOCKS

  Пара аминокислот	nab	pab	qa	qb	sab
  V,V	21177	0,016	0,074	0,074	3,094
  V,L	36596	0.027	0,074	0,108	1,411
  V,T	6679	0,005	0,074	0,064	-0,843

  При вычислении весов аминокислотных замен были использованы следующие обозначения:

  • n_ab — число замен для пары аминокислот a и b
  • p_ab — частота встречаемости пары аминокислот a и b
  • q_a — частота встречаемости аминокислоты a
  • q_b — частота встречаемости аминокислоты b
  • s_ab — вес аминокислотной замены для пары аминокислот a и b

• Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS

  Пара аминокислот	nab	pab	qa	qb	sab
  V,V	3304509	0.01442	0,0664	0,0664	3,419
  V,L	3913012	0.01707	0,0664	0,09045	1,014
  V,T	1291359	0.00563	0,0664	0,04946	-0.045

  При вычислении весов аминокислотных замен были использованы следующие обозначения:

  • n_ab — число замен для пары аминокислот a и b
  • p_ab — частота встречаемости пары аминокислот a и b
  • q_a — частота встречаемости аминокислоты a
  • q_b — частота встречаемости аминокислоты b
  • s_ab — вес аминокислотной замены для пары аминокислот a и b

• Сравнение весов аминокислотных замен

  Пара аминокислот	Блок IPB003732B	200 блоков	BLOSUM62
  V,V	3	3	4
  V,L	1	1	1
  V,T	-1	0	0

  
  Расхождения в данных обьясняются недостатком статистических данных.
  Данные номер 1 - один блок
  Данные номер 2 - 200 блоков
  Данные номер 3 - много блоков
  (Это также подтверждается более близкими к BLOSUM значениями blocks 200)
  Вес V на V больше чем V на L, который в свою очередь больше V на T т.к. за маленький промежуток времени V останется собой с большей вероятностью чем заменится на L и тем более на T (Более сложно провести приемлемую мутацию. В частности из-за того, что V и L из одной группы, а Т из другой). (В матрице PAM500, в подтверждение моих слов, веса некоторых замен практичиски равны весам некоторых идентичных пар.)