К оглавлению

Эволюционная модель

Изображение дерева, описываемое скобочной формулой (((((А:23,В:23):20,С:43):7,D:40):20,Е:70):30,F:100);

Исследование дерева

Скрипт, позволяющий получить соответствующие модели последовательности с геном TALB_ECOLI (длина 1139 н.к.) в качестве первопредка(корня)

msbar abcdef.fasta f.fasta   -point 4 -count 1139 -auto
msbar abcdef.fasta abcde.fasta   -point 4 -count 342 -auto
msbar abcde.fasta e.fasta   -point 4 -count 797 -auto
msbar abcde.fasta abcd.fasta   -point 4 -count 228 -auto
msbar abcd.fasta d.fasta   -point 4 -count 456 -auto
msbar abcd.fasta abc.fasta   -point 4 -count 80 -auto
msbar abc.fasta c.fasta   -point 4 -count 490 -auto
msbar abc.fasta ab.fasta   -point 4 -count 228 -auto
msbar ab.fasta b.fasta   -point 4 -count 262 -auto
msbar ab.fasta a.fasta   -point 4 -count 262 -auto
Здесь -poin 4 говорит о том, что производить надо только замены нуклеотидов, а -auto значит то же, что и всегда.

© Шпильман Алексей 2005