К оглавлению

Методы построения деревьев

Исходное дерево

Матрица попарных расстояний, выданная ednadist

              A        B       C      D       E        F
A           0.0000  0.3534  0.6860  0.7128  0.9898  1.5356
B           0.3534  0.0000  0.6270  0.6882  1.0479  1.7197
C           0.6860  0.6270  0.0000  0.6751  1.0443  1.4894
D           0.7128  0.6882  0.6751  0.0000  0.9998  1.4959
E           0.9898  1.0479  1.0443  0.9998  0.0000  1.3288
F           1.5356  1.7197  1.4894  1.4959  1.3288  0.0000

Варианты деревьев

Метод UGPMA


                                       +---------A         
                              +--------1  
                           +--2        +---------B         
                           !  !  
                 +---------3  +------------------C         
                 !         !  
  +--------------4         +-------------------D         
  !              !  
--5              +-----------------------------E         
  !  
  +--------------------------------------------F         

(((((A:0.17670,B:0.17670):0.15155,C:0.32825):0.01777,D:0.34602):0.16421, E:0.51023):0.24672,F:0.75694);

Метод ближайших соседей (Neighbor-Joining)

  +---------D         
  !  
  !       +-----------E         
--4-------1  
  !       +---------------------------F         
  !  
  !        +----A         
  !  +-----2  
  +--3     +-----B         
     !  
     +---------C         
(D:0.32030,(E:0.39455,F:0.93425):0.26315,((A:0.17045,B:0.18295):0.17200, C:0.30780):0.03925);

Метод наибольшего правдоподобия (Maximum Likelihood)

  +----B         
  !  
  !                  +------------------------------------------F         
  !        +---------4  
  !     +--3         +---------------E         
  !     !  !  
--1-----2  +----------D         
  !     !  
  !     +----------C         
  !  
  +------A         
(B:0.16351,(((F:1.40392,E:0.52554):0.34541,D:0.35566):0.04829, C:0.37190):0.18113,A:0.21336);

Метод максимальной экономии (Parsimony)


              +--F         
           +--5  
        +--4  +--E         
        !  !  
     +--3  +-----D         
     !  !  
  +--2  +--------C         
  !  !  
--1  +-----------B         
  !  
  +--------------A         
(((((F,E),D),C),B),A);

Таблица топологии

Ветвь Исходное дерево
модели
UPGMA NJ ML Parsimony
ABCDEF
111100 + + + + +
111000 + + + + +
110000 + + + + +

Обсуждение результатов