На главную

Классификация функций. Ферменты.

IUPAC номенклатура ферментов

Код фермента:

EC 4.3.2.2

Расшифровка каждого пункта:

EC 4 - Lyases
EC 4.3 - Carbon-Oxygen Lyases
EC 4.3.2 - Lyases acting on Amides, Amidines, etc.
EC 4.3.2.2 - Adenylosuccinate lyase

Характеристики аденил-сукцинат лиазы (EC 4.3.2.2), предоставляемые специализированным ресурсом Brenda

Ферментативная реакция, катализируемая ферментом:

Общее число ферментов с кодом 4.3.2.2:

10

Ингибиторы:

Аденилэтилфосфанат, аденилсукцинад, АДФ, АМФ, ЭДТА, Фумарат, KCl,....

ЭДТА

АДФ

Активаторы:

Нет данных

Оптимум pH:

Нет данных

Сравнение ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов, идентификатор PFam PF00206

ID фермента в Swiss-Prot	Начало домена	> Конец домена
PUR8_ECOLI	11	305
PUR8_METJA	12	342
PUR8_HUMAN	13	307

С помощью программы seqret пакета EMBOSS были получены аминокислотные последовательности доменов.
Использованные команды:

seqret sw:P30566 -sask

seqret sw:Q25739 -sask

seqret sw:P25739 -sask

Команда -sask позволяет задать границы доменов в ручную.

Выравнивание полученных последовательностей было построено с помощью программы needle командами

needle pur8_ecol6.fasta pur8_human.fasta -auto 
needle pur8_ecol6.fasta pur8_metja.fasta -auto 
needle pur8_human.fasta pur8_metja.fasta -auto

Полученны выравнивания:


########################################
# Program: needle
# Rundate: Fri May 26 2006 23:24:09
# Align_format: srspair
# Report_file: pur8_ecol6.needle
########################################

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: PUR8_ECOL6
# 2: PUR8_HUMAN
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 332
# Identity:      72/332 (21.7%)
# Similarity:   127/332 (38.3%)
# Gaps:          74/332 (22.3%)
# Score: 142.5
# 
#
#=======================================

PUR8_ECOL6         1 ---PVDGRYGDKVSALRGIFSEYGLLKFRVQVEVRWL------QKLAAHA     41
                        |:..||.......  :||:  ..|||...:: ||      |.|....
PUR8_HUMAN         1 YRSPLASRYASPEMCF--VFSD--RYKFRTWRQL-WLWLAEAEQTLGLPI     45

PUR8_ECOL6        42 AIKEVPAFAADAIGYLDAIVASFSEEDAARIKTIERTTNHDVKA-VEYF-     89
                     ..:::....::    |:.|....:.|:..|::       |||.| |..| 
PUR8_HUMAN        46 TDEQIQEMKSN----LENIDFKMAAEEEKRLR-------HDVMAHVHTFG     84

PUR8_ECOL6        90 -LKEKVAEIPELHAVSEFIHFACTSEDINNLSHALMLKTARDEVILPYWR    138
                      ...|.|.|         ||...||..:.:.:..::|:.|.| ::||...
PUR8_HUMAN        85 HCCPKAAGI---------IHLGATSCYVGDNTDLIILRNALD-LLLPKLA    124

PUR8_ECOL6       139 QLIDGIKDLAVQYRDIPLLSRTHGQPATPSTIGKE----MANVAYRMERQ    184
                     ::|..:.|.|.:...:|.|..||.|||..:|:||.    :.::...::..
PUR8_HUMAN       125 RVISRLADFAKERASLPTLGFTHFQPAQLTTVGKRCCLWIQDLCMDLQNL    174

PUR8_ECOL6       185 YRQLNQVEILGKINGAVGNYNAHIAAYPEVDWHQ-------------FSE    221
                     .|..:.:...| :.|..|...:.:..: |.|.|:             |..
PUR8_HUMAN       175 KRVRDDLRFRG-VKGTTGTQASFLQLF-EGDDHKVEQLDKMVTEKAGFKR    222

PUR8_ECOL6       222 EFVTSLGIQWNPYTTQIEPHDYIAELFDCVARFNTILIDFDRDVWGYIAL    271
                     .|:    |....||.:::     .|:...:|.....:.....|:.....|
PUR8_HUMAN       223 AFI----ITGQTYTRKVD-----IEVLSVLASLGASVHKICTDIRLLANL    263

PUR8_ECOL6       272 NHFKQKTIAGEIGSSTMPHKVNPI--------    295
                     ...::.....:||||.||:|.||:        
PUR8_HUMAN       264 KEMEEPFEKQQIGSSAMPYKRNPMRSERCCSL    295


#---------------------------------------
#---------------------------------------

########################################
# Program: needle
# Rundate: Fri May 26 2006 23:25:25
# Align_format: srspair
# Report_file: pur8_metja.needle
########################################

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: PUR8_METJA
# 2: PUR8_ECOL6
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 360
# Identity:      97/360 (26.9%)
# Similarity:   146/360 (40.6%)
# Gaps:          94/360 (26.1%)
# Score: 257.5
# 
#
#=======================================

PUR8_METJA         1 KMAVHPIDYRYG--TPEMRKVWEEENKLEKMLKVEAA-LAK--AQAELGL     45
                          |:|.|||  ...:|.::.|...|:..::||.. |.|  |.|.:..
PUR8_ECOL6         1 -----PVDGRYGDKVSALRGIFSEYGLLKFRVQVEVRWLQKLAAHAAIKE     45

PUR8_METJA        46 IPKEAAEEINK----KASTKYVKLERVKEIEKQTKHDVVA----MIRALA     87
                     :|..||:.|..    .||.......|:|.||:.|.|||.|    :...:|
PUR8_ECOL6        46 VPAFAADAIGYLDAIVASFSEEDAARIKTIERTTNHDVKAVEYFLKEKVA     95

PUR8_METJA        88 EVCEGNA-GEYIHFGATSNDIVDTANSLLIKES-IEIIEDKLKQLRDILL    135
                     |:.|.:| .|:|||..||.||.:.:::|::|.: .|:|....:||.|.:.
PUR8_ECOL6        96 EIPELHAVSEFIHFACTSEDINNLSHALMLKTARDEVILPYWRQLIDGIK    145

PUR8_METJA       136 DKAEEHKYTVCVGRTHGQHAIPTTYGMRFALWAAEIDRHLERLKEAKKRI    185
                     |.|.:::....:.|||||.|.|:|.|...|..|..::|...:|.:.:   
PUR8_ECOL6       146 DLAVQYRDIPLLSRTHGQPATPSTIGKEMANVAYRMERQYRQLNQVE---    192

PUR8_METJA       186 CVSMITGAVGT----MAAMGEKGLEVHKRVAEI---LGLEPVLISNQVIQ    228
                     .:..|.||||.    :||..|  ::.|:...|.   ||::....:.|:..
PUR8_ECOL6       193 ILGKINGAVGNYNAHIAAYPE--VDWHQFSEEFVTSLGIQWNPYTTQIEP    240

PUR8_METJA       229 RDRHAEFVFLLALIAQTLNKIGVTV-------RSMQRTEIGELEEEFDPT    271
                     .|..||....:|.....|......|       ...|:|..||:       
PUR8_ECOL6       241 HDYIAELFDCVARFNTILIDFDRDVWGYIALNHFKQKTIAGEI-------    283

PUR8_METJA       272 KQTGSSTMPHKRNPITFEQICGLSRVIKSLCIAEMDNIPLWEERDLTNSS    321
                        ||||||||.|||                                   
PUR8_ECOL6       284 ---GSSTMPHKVNPI-----------------------------------    295

PUR8_METJA       322 AERCIFAEVC    331
                               
PUR8_ECOL6       296 ----------    295

########################################
# Program: needle
# Rundate: Fri May 26 2006 23:48:36
# Align_format: srspair
# Report_file: pur8_metja.needle
########################################

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: PUR8_METJA
# 2: PUR8_HUMAN
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 340
# Identity:      90/340 (26.5%)
# Similarity:   151/340 (44.4%)
# Gaps:          54/340 (15.9%)
# Score: 323.0
# 
#
#=======================================

PUR8_METJA         1 KMAVHPIDYRYGTPEMRKVWEEENKLEKMLKVEAALAKAQAELGL-IPKE     49
                       ...|:..||.:|||..|:.:..|.....::...||:|:..||| |..|
PUR8_HUMAN         1 --YRSPLASRYASPEMCFVFSDRYKFRTWRQLWLWLAEAEQTLGLPITDE     48

PUR8_METJA        50 AAEEINKKASTKYVKLERVKEIEKQTKHDVVAMIRALAEVCEGNAGEYIH     99
                     ..:|:  |::.:.:..:...|.||:.:|||:|.:......|...|| .||
PUR8_HUMAN        49 QIQEM--KSNLENIDFKMAAEEEKRLRHDVMAHVHTFGHCCPKAAG-IIH     95

PUR8_METJA       100 FGATSNDIVDTANSLLIKESIEIIEDKLKQLRDILLDKAEEHKYTVCVGR    149
                     .||||..:.|..:.::::.:::::..||.::...|.|.|:|......:|.
PUR8_HUMAN        96 LGATSCYVGDNTDLIILRNALDLLLPKLARVISRLADFAKERASLPTLGF    145

PUR8_METJA       150 THGQHAIPTTYGMRFALWAAEIDRHLERLKEAKKRICVSMITGAVGTMAA    199
                     ||.|.|..||.|.|..||..::...|:.||..:..:....:.|..||.|:
PUR8_HUMAN       146 THFQPAQLTTVGKRCCLWIQDLCMDLQNLKRVRDDLRFRGVKGTTGTQAS    195

PUR8_METJA       200 M-------GEKGLEVHKRVAEILGLE-PVLISNQVIQRDRHAEFVFLLAL    241
                     .       ..|..::.|.|.|..|.: ..:|:.|...|....|.:.:||.
PUR8_HUMAN       196 FLQLFEGDDHKVEQLDKMVTEKAGFKRAFIITGQTYTRKVDIEVLSVLAS    245

PUR8_METJA       242 IAQTLNKIGVTVRSMQRTEIGELEEEFDPTKQTGSSTMPHKRNPITFEQI    291
                     :..:::||...:|.:  ..:.|:||.|: .:|.|||.||:||||:..|:.
PUR8_HUMAN       246 LGASVHKICTDIRLL--ANLKEMEEPFE-KQQIGSSAMPYKRNPMRSERC    292

PUR8_METJA       292 CGLSRVIKSLCIAEMDNIPLWEERDLTNSSAERCIFAEVC    331
                     |.|                                     
PUR8_HUMAN       293 CSL-------------------------------------    295


#---------------------------------------
#---------------------------------------




Идентичность белков колеблеться от 20 да 29 процентов. 
Это говорит о том, 
что вероятность совпадения функций этих ферментов достаточно велика. 






©
Шпильман Алексей, 2004