На главную

Метаболические пути. Kegg.

Описание ферментативной реакции


Поиск заданного метаболического пути. Сравнение ферментов разного типа, катализирущих одну и ту же реакцию

  1. При поиске только по заданному названию метаболического пути находятся данные пути во всех возможных организмах, поэтому результатов получилось так много (407 "хитов").
    Когда мы добавляем в запрос "reference" и "map", результат ограничивается только картой общего для всех организмов метаболического пути, поэтому результат один. Причём от этой карты можно перейти к частным метаболическим путям в разных организмах.

  2. Метаболический путь: Valine, leucine and isoleucine biosynthesis (биосинтез валина, лейцина и изолейцина)
    Выбран следующий фрагмент:
  3. Данная реакция катализируется двумя ферментами: 1.2.4.1 pyruvate dehydrogenase и 2.2.1.6 acetolactate synthase

Сравнение ферментов:

Код фермента EC 1.2.4.1 EC 2.2.1.6
Название фермента pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) acetolactate synthase
Класс фермента Oxidoreductases Acting on the aldehyde or oxo group of donors With a disulfide as acceptor Transferases Transferring aldehyde or ketone residues Transketolases and transaldolases
Катализируемая ферментом реакция pyruvate + [dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase] lipoyllysine = [dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase] S-acetyldihydrolipoyllysine + CO2 2 pyruvate = 2-acetolactate + CO2
Субстрат Pyruvate Pyruvate
Продукт S-acetyldihydrolipoyllysine; 2-Acetolactate
В каких путях встречается Glycolysis / Gluconeogenesis, Valine, leucine and isoleucine biosynthesis, Pyruvate metabolism, Butanoate metabolism Valine, leucine and isoleucine biosynthesis, Butanoate metabolism, C5-Branched dibasic acid metabolism, Pantothenate and CoA biosynthesis


Cравнение метаболических путей у разных организмов

Задача — сравнить биосинтез кофактора биотина (biotin) из пимелата (pimelate) у человека (Homo sapiens) и Bacillus subtilis..

Название найденного пути: biotin metabolism (метаболизм биотина)

Идентификатор карты (Reference map): 00780

Изображение карты:



Количество реакций, соответствующих синтезу биотина из пимелата, равно пяти. Источник пимелата не указан Биотин может превратиться в биотинил-СоА.

Карта метболизма биотина у человека:



Карта метаболизма биотина у Bacillus subtilis:



При сравнении двух карт можно заметить, что биотин синтезируется из пимелата у Bacillus subtilis, тогда как у человека он не синтезируется из пимелата. Видимо, человеку легче получить рибофламин из пищи, чем синтезировать из пимелата самостоятельно.

© Шпильман Алексей, 2005