Мембранные белки

Предсказание топологии мембранного белка CYB6_ADICA

Из банка данных SwissProt были получены последовательности белка CYB6_ADICA и его прототипа CYB6_MASLA в fasta формате. С помощью программы needle пакета EMBOSS было построено выравнивание, вес которого получился равным 998.0, а процент идентичности - 84.2%.

Топология белка была предсказана двумя методами: почти вручную с помощью программы pepwindow пакета EMBOSS и посредством программы TMHMM.

Полученные результаты:

Профиль гидрофобности и таблица с предсказанной топологией белка

Выходной файл программы ТМНММ

Выравнивание из файла marking.msf

Также в базе данных OPM (Orientations of Proteins in Membranes database) было найдено описание трансмембранных сегментов в 3D-структуре прототипа белка CYB6_MASLA.

Сравнение предсказанных топологий с описанием трансмембранных сегментов в 3D-структуре прототипа

		По профилю гидрофобности	TMHMM
Всего предсказано (N)		79	92
Из них
	А. По данным ОРМ находятся внутри мембраны	75	66
	В. Из них - "торчащие" из мембраны остатки на концах спиралей	4	13
	С. Вообще не имеют никакого отношения к трансмембранным спиралям	0	0
D. Число непредсказанных остатков, которые по данным ОРМ находятся в мембране.		8	6
Точность предсказания, A/N		94.9%	71.7%
Сверхпредсказание, C/N		0%	0%
Недопредсказание, D/(L-N), где L-длина последовательности		5.8%	4.8%

Как видно из таблицы, оба метода предсказывают трансмембранные сегменты с удовлетворительной точностью. При этом при предсказании по профилю гидрофобности много зависит от опыта биоинформатика: считать или не считать тот или иной пик центром мембранного домена