Исследование филогенетического дерева семейства глобинов из Strepsirhini и Anguilliformes

Составление выборки белков семейства

С помощью SRS в базе данных UniProt были найдены аминокислотные последовательности, нужные для составления выбороки белков семейства глобинов (иденитфикатор Pfam PF00042), состоящей из трёх частей:

белки семейства глобинов из таксонов Strepsirhini и Anguilliformes
глобины человека — Q8WWM9, P09105, P02008, P69905, P68871, P02042, P02100, P69891, P69892, Q9NPG2;
внешняя группа (outgroup) — P02144, P02202, Q9DGJ1.

Аминокислотные последовательности находятся в файле seq.txt
Перечнень организмов выборки находится в файле taxon_names.txt

Построение филогенетического дерева

Программой emma было построено множественное вызавнивание аминокислотных последовательностей, соответствующих выборке. С помощью программы eprotdist была получена матрица попарных расстояний, которая было использована программой eneighbor, чтобы реконструировать филогенетическое дерево по алгоритму ближайших соседей (Neighbour-Joining). Редактировалось дерево в программе GeneMaster.

Текстовый файл находится здесь.

Изображение дерева:

Ветви внешней группы более толстые, названия выделены жирным шрифтом с подчеркиванием.

Построение таксономического дерева

На сайте NCBI по списку организмов было построено таксономическое дерево:

Анализ дерева

Ортологи - это белки, возникшие из одного общего предшественника в процессе видообразования. Как правило, они имеют одну и ту же функцию. В данном случае ортологами можно считать, например, следующие пары:

HBAC_ANGAN - HBAC_GYMUN
HBBA_GYMUN - HBBA_ANGAN
HBBC_CONCO - HBBC_ANGAN

На рисунке в п.2 эти пары отмечены красным.

Паралоги - это белки, возникшие из одного общего предшественника в результате дупликацииодного гена в одном организме. Обычно паралоги имеют разные функции. Для данной выборки паралогами являются эти пары:

HBB3_MURHE - HBB1_MURHE
HBBC_GYMUN - HBAA_GYMUN
HGB_HUMAN - HBAZ_HUMAN

Эти белки отмечены зелёным.