Учебный сайт Сергея Пушкарева

Навигация по сайту:

• Главная
• Семестры:
  1. Первый
  2. Второй
  3. Третий
• Обо мне

Описание субстрат-связывающего белка принадлежащего белку-переносчику семейства ABC из генома бактерии
Roseateles depolymerans.KCTC 42856

Последовательность белка:

>ALV08439.1 ABC transporter substrate-binding protein
MLTRRHWLATVPAVAASQALVSIPLLGLHRSAAAAAPRVISVGGALTELIYAMGAQADLVG
VDSTSLFPAEATRLPNVGYARTLAAEGLLSLAPTMIVATEEAGPPAVLNQLQSARIPLHVL
RADHRFEGVVDRTRRLGELMDRPAQARALIDGLQQAWAQTQQTVSRVSAGHRPPRVLF
VLSNAGNQARISGRATAADAMIRYAGAVNALGEVQGYQALSPEAAIAAAPDVILATSQGV
EAVGGADALLRLPGLAQTPAARQRRVVSLETMEMLGFGPRLPQALAKLATALHAGAMG

Коротко о самом белке

ABC-транспортеры – суперсемейство мембранных каналов, осуществляющих активный транспорт различных веществ за счет гидролиза АТФ. ABC-экспортеры, осуществляющие транспорт из клетки во внешнюю среду, встречаются повсеместно у всех ныне живущих клеточных форм жизни: от бактерий до человека[1]. ABC-импортеры, закачивающие вещества из внешней среды в клетку, характерны только для прокариот[2].
В работе всех ABC-импортеров G(-) бактерий принимает участие высокоспецифичный к субстрату канала субстрат-связывающий белок (это и есть наш ALV08439.1), локазованный в периплазматическом пространстве. Его функция заключается в обеспечении высокой избирательности транспорта (благодаря специфическому связыванию с транспортируемым веществом и его высвобождению вблизи транспортера) и стимуляции гидролиза АТФ в самом ABC-импортере (за счет конформации комплекса субстрат-связывающего белка и субстрата, воздействующей на транспортер)[3].

Таблица 1. Описание субстрат-связывающего белка принадлежащего белку-переносчику семейства ABC из генома бактерии Roseateles depolymerans.KCTC 42856.

Геномное окружение гена изучаемого белка

Рисунок 1. Геномное окружение гена cубстрат-связывающего белка принадлежащего белку-переносчику семейства ABC (идентификатор белка ALV08439.1). Изображение получено с помощью геномного браузера NCBI.

Комментарий к рисунку:
Вверху показаны все шесть рамок считывания данного участка генома. Зеленым отмечены старт-кодоны, красным – стоп-кодоны. Серые прямоугольники обозначают открытые рамки считывания."+n" - обозначает рамку, сдвинутую на n пар оснований относительно начала генома.
Так, исследуемый ген ALV08439.1 расположен на +3 рамке, то есть, по сути, без сдвига относительно начала генома. Соседний с 5'-конца ген ALV08438.1 находится на рамке считывания +1, а соседний с 3'-конца ALV08440.1 на рамке +2. Об этом свидетельствует расположение старт и стоп кодонов у соответствующих рамок считывания, совпадающих по протяженности с длиной гена. В этом же можно убедиться, взяв координаты начала генов, вычесть из них n и разделить на 3, получив при этом целое число кодонов. Отрицательным значениям n соответствуют рамки считывания, расположенные на комплементарной цепи.
Ниже можно видеть схематическое изображение генов. Белыми стрелками обозначено направление транскрипции гена с комлементарной цепи и трансляции его с иРНК (то же самое обозначено черными стрелками для рамок считывания сверху, однако важно понимать, что не все из них реально транскрибируются и транслируются).

Использованная литература:

[1]Molecular Biology of The Cell. Alberts et al. 6th edition. Стр.18. ISBN 978-0-8153-4432-2
[2]Kaspar P Locher. Structure and mechanism of ATP-binding cassette transporters. doi:10.1098/rstb.2008.0125
[3]Amy L. Davidson. ATP-Binding Cassette Transporters in Bacteria. doi: 10.1146/annurev.biochem.73.011303.073626