Учебный сайт Сергея Пушкарева

Навигация по сайту:

• Главная
• Семестры:
  1. Первый
  2. Второй
  3. Третий
  4. Четвертый
• Обо мне

Практикум 5. Работа с UniProt

1. Общие данные о белке

Комментарии

Фермент закодирован в плазмиде pRL9, одной их шести[1] плазмид Rhizobium leguminosarum bv. viciae (штамм 3841). В поле "Sequence" на странице UniProt указано, что белок отсеквенирован полностью. Показано, что белок образует тетрамер (димер димеров)[2]. В PDB представлен одной цепью, как Asymmetric unit, и четырьмя в Biological assembly; стоит еще отметить, что ионы Na⁺ и CH₃COO^- в структуру PDB попали из-за используемой методики получения кристалла белка[2]. Биологическая функция — гидролиз фосфоди- и фосфомоноэфиров[2]. Также данный фермент является первой описанной гидролазой, не являющейся при этом сульфатазой (для которых такое строение типично), использующей C-формилглицин(оксоаланин) как нуклеофил активного центра[2].
В процессе изучения страницы белка в PDB было обнаружено несоответствие данных UniProt и PDB. По последним данным UniProt в белке 514 аминокислот. В UniParc был найден файл из PDB и в нем 543 аминокислотных остатков. Выравнив их с помощью BLASTP, получили такое выравнивание:

2. Кластеры UniRef

3. Поиск в UniProt

Небольшой комментарий: так как в рекомендуемом названии белка есть его уникальный номер в плазмиде, мне показалось не очень результативным искать только используя рекомендованное название. Было произведено еще четыре поиска с рекомендуемым названием, из которого был удален номер гена в плазмиде. Как можно видеть, это дало результаты при поиске по филуму.

Трипсин. Всего по запросу "name:trypsin" было найдено 18951 белков. По запросу 'name:trypsin and name:inhibitor' было найдено 3914 белков. Такая формулировка запроса лучше чем 'name:"trypsin inhibitor"', поскольку с помощью запроса (name:trypsin and name:inhibitor) and not name:"trypsin inhibitor" можно найти 160 белков, которые не попадают во второй запрос, но попадают в первый. Это связано с тем, что name:"<word1> <word2>" ищет заданные слова только в определенном порядке и не находит, к примеру, "trypsin/chymotrypsin inhibitor".

4. Дополнительные задания

Разбор отличий записи RefSeq Protein и UniProt

По сравнению с NCBI, в записи UniProt содержится больше информации о белке, по большей части взятой из статей его описывающих, со ссылками на эти статьи. К примеру, информация о мутагенезе аминокислот активного центра, посттрансляционные модификации белка, данные о родственных белках и доменах из различных баз данных (Поля "DR").

Анализ истории изменения записи исследуемого белка

Всего у записи с АС=Q1M964 на момент написания (19.03.18) существует 82 версии. Можно видеть, что до 80 версии актуальная версия белка находилась в базе данных TrEMBL с Uniprot ID=Q1M964_RHILV (самая первая версия) и Q1M964_RHIL3 (записи со 2 по 79 включительно). С 80 записи белок "переехал" в Swiss-Prot, то есть была произведена его аннотация человеком. ID тоже сменился и стал RLPMH_RHIL3. С версии 1 по 82 можно наблюдать увеличения объема данных о белке: в первой записи была только последовательность и плазмида из которой его выделили(pRL9). Данные получены из статьи [1], являющейся обзором генома R. leguminosarum. В 82 версии были добавлены данные по мутагенезу, кинетические параметры фермента, полученные скорее всего из [2], ссылки ("DR") на другие базы данных.

Обозначения определенных фич белка

Ссылки

1. Young, Peter et al. The genome of Rhizobium leguminosarum has recognizable core and accessory components. Genome Biology 2006 7(4):R34.
2. Jonas, Stefanie et al. A New Member of the Alkaline Phosphatase Superfamily with a Formylglycine Nucleophile: Structural and Kinetic Characterisation of a Phosphonate Monoester Hydrolase/Phosphodiesterase from Rhizobium leguminosarum. J.Mol.Biol. 384: 120.
3. Carlson, Brian L. et al. Function and Structure of a Prokaryotic Formylglycine-generating Enzyme The Journal of Biological Chemistry 283, 20117-20125.