Анализ секвенирования по Сэнгеру

Навигация по сайту:

Анализ секвенирования по Сэнгеру

Ссылки на файлы

Характеристики хроматограммы

Длины нечитаемых участков составили 139nt в начале и 56nt(661-716) в конце прямого прочтения и 40nt в начале и 133nt(577-709) в конце reverse-complement обратного. Сопоставимые длины нечитаемых участков (начало reverse-complement обратного прочтения находится исходно в конце самого прочтения и наоборот: конец reverse-complement находится в начале обратного прочтения) свидетельствуют об общности мешающих факторов (из лекции — сложность разделения электрофорезом длинных фрагментов для концов прочтений и неспецифические последовательности в начале прочтения).

В прочтениях есть заметный шум, но чаще всего он не мешает определению последовательности и редко превышает половину уровня пика буквы последовательности.

Уровень сигнала и шума примерно одинаковый на протяжении всего прочтения.

Анализ "проблемных" нуклеотидов

Нуклеотид 73 в прямом прочтении имеет большой уровень шума и программа не осмелилась присвоить ему что-то кроме "N". Во обратном прочтении такой ситуации не возникает. Вывод: T.

Рис. 1.1. Спорный нуклеотид в прямом прочтении.

Рис. 1.2. Обратное прочтение.
Аналогичная ситуация с 265 нуклеотидом в обратном прочтении. В этот раз помогает прямое прочтение. Вывод: Т.

Рис. 2.1. Прямое прочтение.

Рис. 2.2. Спорный нуклеотид в обратном прочтении.
Все та же проблема с 130 нуклеотидом прямого прочтения. Вывод: G.

Рис. 3.1. Спорный нуклеотид в прямом прочтении.

Рис. 3.2. Обратное прочтение.
Немного поинтереснее: 373 нуклеотид в прямом прочтении можно принять за полиморфизм. Но обратное прочтение говорит нам что это не так. Вывод: G.

Рис. 4.1. Спорный нуклеотид в прямом прочтении.

Рис. 4.2. Обратное прочтение.

Плохая хроматограмма

Большие широкие пики — это пятна красителя. Много перекрывающихся пиков не дают сделать вывод о последовательности.

Рис. 5. Плохая хроматограмма.

Учебный сайт Сергея Пушкарева

Навигация по сайту: