Навигация по сайту:
|
Что такое филогенетическое дерево
Отобранные бактерии
| Название |
Мнемоника |
| Brucella suis |
BRUSU |
| Escherichia coli |
ECOLI |
| Burkholderia cenocepacia |
BURCA |
| Rhizobium meliloti |
RHIME |
| Roseobacter denitrificans |
ROSDO |
| Shewanella denitrificans |
SHEDO |
| Thiobacillus denitrificans |
THIDA |
| Yersinia pestis |
YERPE |
Скобочная формула дерева
((((YERPE, ECOLI), SHEDO), (THIDA, BURCA)), (ROSDO, (RHIME, BRUSU)));
Изображение дерева
Рисунок 1. Дерево для выбранных бактерий.
Ветви дерева
Дерево содержит следующие нетривиальные ветви:
- {YERPE, ECOLI, SHEDO, THIDA, BURCA, ROSDO} против {RHIME, BRUSU}
- {YERPE, ECOLI, SHEDO, THIDA, BURCA} против {ROSDO RHIME, BRUSU}
- {THIDA, BURCA} против {YERPE, ECOLI, SHEDO, ROSDO, RHIME, BRUSU}
- {YERPE, ECOLI, SHEDO} против {THIDA, BURCA, ROSDO, RHIME, BRUSU}
- {YERPE, ECOLI} против {THIDA, BURCA, SHEDO, ROSDO, RHIME, BRUSU}
Отчет по первому заданию второго практикума
Таксономия выбранных организмов.
| Организм |
Full lineage из NCBI Taxonomy |
| Yersinia pestis |
cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex |
| Thiobacillus denitrificans |
cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Nitrosomonadales; Thiobacillaceae; Thiobacillus |
| Shewanella denitrificans |
cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Alteromonadales; Shewanellaceae; Shewanella |
| Roseobacter denitrificans |
cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodobacterales; Rhodobacteraceae; Roseobacter |
| Rhizobium meliloti* |
cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Sinorhizobium/Ensifer group; Sinorhizobium* |
| Burkholderia cenocepacia |
cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex |
| Escherichia coli |
cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Escherichia |
| Brucella suis |
cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Brucellaceae; Brucella |
*На данный момент Rhizobium meliloti является синонимом таксона Sinorhizobium. Ссылка на Taxonomy.
Сопоставив нетривиальные ветви с таксономией организмов, получили, что ветви отделяют следующие таксоны:
| Нетривиальная ветвь |
Таксон |
| {YERPE, ECOLI, SHEDO, THIDA, BURCA, ROSDO} против {RHIME, BRUSU} |
Rhizobiales |
| {YERPE, ECOLI, SHEDO, THIDA, BURCA} против {ROSDO RHIME, BRUSU} |
Alphaproteobacteria |
| {THIDA, BURCA} против {YERPE, ECOLI, SHEDO, ROSDO, RHIME, BRUSU} |
Betaproteobacteria |
| {YERPE, ECOLI, SHEDO} против {THIDA, BURCA, ROSDO, RHIME, BRUSU} |
Gammaproteobacteria |
| {YERPE, ECOLI} против {THIDA, BURCA, SHEDO, ROSDO, RHIME, BRUSU} |
Enterobacterales |
То же самое, но в виде картинки.
Рисунок 2. Дерево для выбранных бактерий с подписанными таксонами.
Отчет по четвертому заданию третьего практикума
Используя blastp, установленный на kodomo, нашел гомологи белка CLPX_ECOLI с порогом e-value
0.001. Полученные последовательности выровнял с помощью muscle и построил в MEGA7 дерево методом
Neighbor joining.
Рисунок 3. Дерево гомологов CPLX_ECOLI из протеомов выбранных бактерий. Зелеными фигурами обозначено
разделение генов в результате видообразования, красными — дупликация генов.
Примеры групп белков, в которых все белки ортологичны друг другу, — группы белков CLPX и (HSLU + Q3SFW1_THIDA, который, судя по его
описанию, тоже
HSLU). Из топологии дерева видно, что вышеназванные две группы белков имеют общую предковую последовательность, которая, дуплицировавшись,
дала начало этим группам. Следовательно, любой белок из одной группы является паралогом белка из другой группы в том же организме. Например
CLPX_ECOLI и HSLU_ECOLI.
|