Множественное выравнивание

Что было сделано:

• было выбрано множественное выравнивание белка Preflagellin Peptidase
• были найдены и указаны блоки во множественном выравнивании

Выбор множественного выравнивания

Для выполнения практикума было взято множественное выравнивание белка Preflagellin Peptidase, найденное с помощью BLAST.

Приведение выравнивания в порядок

Из представленных мне последовательностей процент покрываемости был достаточно высок (свыше 90%) у пяти последовательностей из шести. Процент идентичности меня устроил только в четырех последовательностях из шести найденных (в остальных процент идентичности был меньше условных сорока). Остальные две, вполне возможно, - просто совпадение. Хотя белок P81318 имел несколько гомологичных участков, но меня смутил большой участок, который не был гомологичен ни одному из остальных. Поэтому его пришлось удалить из проекта с выравниванием. Что можно увидеть ниже:

Список последовательностей, найденных BLAST по последовательности моего белка.

Выравнивание в процессе. Здесь присутствует упомянутый выше белок Р81318.

Выравнивание в процессе. Все гомологичные (на мой взгляд) последовательности отобраны.

Далее - опция Remove Redundancy (90). Теперь в выравнивании всего лишь три последовательности. :"(

После удаления колонок с гэпами, сортировки по парной идентичности ничего сосбо не изменилось. По-прежнему остались три последовательности. Готово! Теперь выравнивание приведено в порядок.

Блоки при выравнивании

В моем случае найти блоки с консервативными и функционально консервативными позициями было очень просто - они прямо-таки бросались в глаза.
Вот, что у меня в итоге получилось.

Вывод

В выравнивании последовательностей я обнаружила 15 блоков, все они стояли близко друг к другу. Это указывает на гомологичность последовательностей.