Получение информации о белке FLAK_METM6

В UniProt был найден белок Preflagellin peptidase (UniProt ID: FLAK_METM6). Была найдена информация об идентификаторе в UniProt, PDB, RefSeq, были найдены UniProt AC, а также длина белка в аминокислотных остатках и молекулярная масса в дальтонах. Данная информация представлена в Таблице 1. Данные для таблицы были взяты отсюда

Данный белок представлен в организме археи Methanococcus maripaludis С6, находится в клеточной мембране. Информация о структуре белка получена методом рентгеноструктурного анализа. Функция белка заключается в отделении N-концевого лидирующего пептида от префлагеллинов. Префлагеллин пептидаза - α/β белок, состоит из единственной цепи, принадлежит семейству пептидаз А24.

Поиск белка FLAK_METM6 в UniRef

Найдены данные о кластерах белка FLAK_METM6 в UniRef50, UniRef90, UniRef100: их идентификаторы, названия и длина.

Подробнее о кластерах можно посмотреть здесь

• кластер UniRef50
• кластер UniRef90
• кластер UniRef100

Базе данных белков свойственна некоторая избыточность данных: можно обнаружить идентичные последовательности. Для этого такие последовательности объединяют в кластеры. В UniRef было удобно искать информацию о кластерах: можно было узнать идентификатор кластера, его название, размер, название организмов, в которых присутствуют идентичные белки и идентификаторы их таксонов. Кластер UniRef50 объединяет в себе 20 белков, UniRef90 - 9 белков, а UniRef100 - всего лишь 2 белка.

Сеансы поиска в UniProt

Для знакомства с синтаксисом запросов в UniProt были проведены следующие сеансы:

• поиск по рекомендованному названию белка
• поиск по тому же названию среди белков организма
• поиск по тому же названию среди белков из организмов того же семейства
• поиск по тому же названию среди белков организмов того же отдела
• поиск по названию без ограничений на таксоны
• поиск по названию с ограничениями на таксоны
• поиск по названию "трипсин", в том числе, исключая ингибиторы

Поиск префлагеллин пептидазы

• Поиск по рекомендованному названию белка

  Текст запроса: name:"preflagellin peptidase"
  Количество находок в Swiss-Prot: 5
  Общее количество находок: 167
  

• Поиск по рекомендованному названию среди белков Methanococcus meripaludis C6

  Текст запроса: name:"preflagellin peptidase" AND organism:"methanococcus maripaludis (strain C6 / ATCC BAA-1332)"
  Количество находок в Swiss-Prot: 1
  Общее количество находок: 1
  

• Поиск по рекомендованному названию среди белков представителей семейства Methanococcaceae

  Текст запроса: name:"preflagellin peptidase" AND taxonomy:"methanococcaceae"
  Количество находок в Swiss-Prot: 3
  Общее количество находок: 7
  

• Поиск по рекомендованному названию среди белков представителей отдела euryarchaeota

  Текст запроса: name:"preflagellin peptidase" AND taxonomy:"euryarchaeota"
  Количество находок в Swiss-Prot: 5
  Общее количество находок: 101
  

Поиск аллергенов

• Поиск аллергенов без ограничений на таксоны

  Текст запроса: name:"allergen"
  Количество находок в Swiss-Prot: 483
  Общее количество находок: 11242
  

• Поиск аллергенов среди животных

  Текст запроса: name:"allergen" AND taxonomy:"metazoa"
  Количество находок в Swiss-Prot: 129
  Общее количество находок: 1921
  

• Поиск аллергенов среди зеленых растений

  Текст запроса: name:"allergen" AND taxonomy:"viridiplantae"
  Количество находок в Swiss-Prot: 309
  Общее количество находок: 2148
  

Поиск трипсинов

• Поиск по названию "трипсин"

  Текст запроса: name:"trypsin"
  Количество находок в Swiss-Prot: 312
  Общее количество находок: 23018
  

• Поиск по названию "трипсин", исключая ингибиторы

  Текст запроса: name:"trypsin" NOT name:"inhibitor"
  Количество находок в Swiss-Prot: 101
  Общее количество находок: 18270
  

Результаты поиска показали, что база данных белков Swiss-Prot намного меньше TrEMBL.