Выравнивание последовательностей

Что было сделано:

• была взята последовательность аминокислот белка археи Methanococcus maripaludis C6
• была взята кодирующая последовательность данного белка
• была транслирирована кодирующая последовательность моего белка (команда transeq пакета EMBOSS)
• было произведено несколько мутаций в кодирующей последовательности белка
• мутированные последовательности также были транслированы
• было произведено выравнивание последовательностей аминокислот мутировавших белков с искомым белком с помощью команды needle пакета EMBOSS
• результаты выравнивания занесены в таблицу

Примечания:

Для получения транслированных последовательностей была применена команда

transeq -table 0 mutatedCDS-X.fasta translated-X.fasta , где Х-номер мутации

Для получения выравнивания была применена команда

needle -aformat msf ABX01159.1.fasta translated-X.fasta alignment-X.fasta , где Х-номер мутации, а ABX01159.1 идентификатор моего белка

Скачать таблицу с результатами можно здесь