GO - String - Human Protein Atlas

• Что было сделано:
• был проведен GO Enrichment Analysis
• был проведен анализ ID с помощью сервиса String

Часть 1. GO Enrichment Analysis

1. Мой файл ID в списке - list3 c 32 ID.
2. В самом анализе участвовал 31 ID по причине несоответствия ID в разных базах данных.
3. В выдаче оказалось 111 GO terms. Скорее всего, число GO terms в выдаче превосходит количество участвовавших в анализе ID, потому что белки, закодированные генами, участвуют в нескольких биологических процессах.
4. Ниже представлены 10 самых значимых находок GO terms:

	GO biological process complete                          FDR     
	amino sugar metabolic process				1.68E-34
	carbohydrate derivative metabolic process		3.25E-30
	nucleotide-sugar metabolic process			9.70E-28
	amino sugar biosynthetic process			1.02E-27
	nucleotide-sugar biosynthetic process			2.77E-25
	UDP-N-acetylglucosamine metabolic process		1.98E-24
	UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process		3.74E-23
	carbohydrate metabolic process				3.88E-23
	glucosamine-containing compound metabolic process	1.68E-22
        nucleobase-containing small molecule metabolic process	2.29E-22

5. Дальше можно посмотреть на граф с пятью самыми значимыми GPO terms:

6. Все узлы полученного графа соединены отношениями "является". Четыре из пяти загруженных GO terms являются генами белков, синтезирующих сахара.
7. Все загруженные GO terms участвуют в метаболических процессах.

Часть 2. String

1. Ниже приведена картинка графа, полученного с помощью сервиса String:

2. Наличие 3D-структур указано для 30 узлов.
3. Узлы графа связаны следующими типами взаимодействия:

• from curated databases
• experimentally determined
• gene neighborhood
• gene fusions
• gene co-occurrence
• textmining
• co-expression
• protein homology

4. Последовательности, соответствующие ID из моего списка, высококонсервативны среди Плацентарных, особенно среди Приматов. Картинку, полученную с помощью сервиса String, можно увидеть ниже.

5. Коэкспрессия представленных генов в организме Homo sapiens довольно редка. Если смотреть конкретные примеры, то наиболее высокий уровень коэкспрессии у человека среди генов с ID GFPT1 и PGM3. Score коэкспрессии их РНК равен 0,178. Те же гены коэкспрессируются в организме Bos taurus (Score = 0.113). Также у человека на высоком уровне коэкспрессируются гены HK3 и CHIT1 (Score коэкспрессии РНК 0,139), NPL и HK3 (Score коэкспрессии РНК 0,170). Ниже можно увидеть картинку коэкспрессии генов, ID которых представлены в моем файле, в организме человека и в других организмах.