Анализ мембранных белков

• Что было сделано:
• был проведен частичный анализ мембранного белка SYP61
• был проведен полный анализ мембранного белка CSC1_ARATH

Часть 1. Выбор белка

Был выбран белок, связанный с плазматической мембраной Arabidopsis thaliana - проницаемый замкнутый при стрессе кальциевый канал 1 (Calcium permeable stress-gated cation channel 1). Он действует как чувствительный к осмосу проницаемый кальциевый канал. Инактивация или закрытие канала зависит от кальция. Преобразует механические стимулы в поток ионов. Находится, как уже говорилось ранее, в плазматической мембране Arabidopsis thaliana

Часть 2. Предсказание трансмембранных участков

Для того, чтобы предсказать трансмембранные участки, воспользовались помощью сервиса TMHMM, загрузив последовательность белка CSC1_ARATH в форму. В результате было предсказано девять трансмембранных участков (на альфа-спиралях). Участки белка с наружной стороны мембраны и с внутренней между трансмембранными участками чередуются. Можно увидеть это на графике ниже.

Часть 3. Визуализация расположения белка в мембране

Визуализация положения белка в мембране была получена с помощью сервиса OPM. Можно посмотреть на нее на картинке ниже. Плазматическая мембрана обозначена пунктирными линиями.

Неудачные дубли

Часть 1. Выбор белка

Был выбран белок Синтаксин-61 (SYP61). Этот белок выделен из Arabidopsis thaliana. Он находится в мембране сети транс-отдела аппарата Гольджи, а также в мембране превакуолярного компартмента. Синтаксин-61 участвует в везикулярном транспорте, связываясь с комплексом SNARE (этот комплекс формирует везикулы и эндосомы, все это нужно для транспорта молекул в клетке, разумеется).
Данный белок был выбран по причине "изучаю это в лабе". В нашей лаборатории изучают программируемую клеточную смерть - ПКС - у растений, а белок, участвующий в ПКС растений, переносится из межклеточного пространства внутрь клетки эндоцитозом для инициации клеточной гибели. Так что SYP61 косвенно участвует в ПКС растений, поэтому изучается в нашей лаборатории.

Часть 2. Предсказание трансмембранных участков

Для того, чтобы предсказать трансмембранные участки, воспользовались помощью сервиса TMHMM, загрузив последовательность белка SYP61_ARATH в форму. В результате был предсказан один трансмембранный участок (на альфа-спирали). Почти весь белок (за исключением последнего аминокислотного остатка серьезно?) находится с наружной стороны мембраны. Можно увидеть это на графике ниже.

Часть 3. Визуализация расположения белка в мембране

Вот незадача! Не нашлось готовой структуры с расположением данного белка в мембране, а в статьях [1], [2] положение белка в мембране описано лишь схематически, без структур.

Поэтому начнем сначала.