Филогенетические деревья
Что было сделано:
были выбраны 7 бактерий и составлены скобочная формула дерева и список нетривиальных ветвей как разбиений множества листьев
с помощью программы MEGA было получено изображение филогенетического дерева выбранных бактерий
с помощбю таксономического сервиса NCBI были установлены таксоны, к которым относятся выбранные бактерии
Работа с филогенетическим деревом бактерий
Было выбрано семь организмов из предложенного списка:
| Название вида | Мнемоника |
|---|---|
| Clostridium botulinum | CLOBA |
| Clostridium tetani | CLOTE |
| Lactobacillus acidophilus | LACAC |
| Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus | LACDA |
| Moorella thermoacetica | MOOTA |
| Staphylococcus aureus | STAAR |
| Staphylococcus epidermidis | STAES |
Скобочная формула дерева:
(((CLOBA,CLOTE),MOOTA),((LACAC,LACDA),(STAAR,STAES)))
Изображение дерева, полученное с помощью MEGA:
Список нетривиальных ветвей как разбиений множеств деревьев:
{CLOBA,CLOTE} vs. {MOOTA,LACAC,LACDA,STAAR,STAES}
{CLOBA,CLOTE,MOOTA} vs. {LACAC,LACDA,STAAR,STAES}
{CLOBA,CLOTE,MOOTA,STAAR,STAES} vs. {LACAC,LACDA}
{CLOBA,CLOTE,MOOTA,LACAC,LACDA} vs. {STAAR,STAES}
{CLOBA,CLOTE} vs. {LACAC,LACDA,STAAR,STAES,MOOTA}
Реконструкция филогении
| Нетривиальная ветвь | Таксон |
|---|---|
| {CLOBA,CLOTE} | Clostridiaceae |
| {CLOBA,CLOTE,MOOTA} | Clostridia |
| {LACAC,LACDA} | Lactobacillaceae |
| {STAAR,STAES} | Staphylococcaceae |
| {LACAC,LACDA,STAAR,STAES} | Bacilli |
