Jmol-applet2

После того, как структура загрузится, надо нажать две кнопки:

1. Запустить скрипт:

2. Продолжить исполнение скрипта:

Text of the script for 1st task
Text of the script for 2nd task
Text of the script for 3rd task

Сообщения скрипта:
Script completed

Задание 1. Гидрофобное ядро

Показано самое большое гидрофобное ядро, содержащее 1154 атомов (~22% всех атомов белка).

Задание 2. Плотность упаковки атомов в гидрофобном ядре

Атомы, практически полностью покрывающие остаток в гидрофобном ядре, находятся на расстоянии не более 5 ангстрем.
Характерное расстояние между атомами в белке ~4 ангстрема - на этом расстоянии от остатка появляется большая часть атомов, закрывающих остаток практически полностью.
Ван дер Ваальсов радиус атома кислорода равен ~1.4 ангстрема, и характерное расстояние раза в 3 больше, значит не очень помещается.

Задание 3. Комплекс белок - ДНК

С ДНК связываются, например, ДНК-полимераза (репликация), РНК-полимераза, транскрипционные факторы (транскрипция), белки системы репарации, гистоны. Здесь представлен комплекс гидролазы с ДНК.