Database searching

Упражнения

Упражнение 1

"Определите код референсного протеома бактерии Brucella abortus"

Ответ: UP000002719

Упражнение 2

"Найдите белки систем секреции (secretion system) в референсном протеоме B.abortus"

Ответ: 14

Упражнение 3

"Найдите белки систем секреции (secretion system) в референсном протеоме B.abortus, кроме тех, которые помечены как не охарактеризованные (uncharacterized protein)"

Ответ: 14

Упражнение 4

"Найдите белки, связывающие атом железа, в референсном протеоме B.abortus"

Ответ: 21

Упражнение 5

"Найдите статью Блюменталя (Blumenthal) с названием "Транс-сплайсинг и опероны C.elegans""

Запрос: Blumenthal[au] AND Trans-splicing and operons in C.elegans[ti]
Найдено: 1
PMID: 23175478

Упражнение 6

"Получите список публикаций, в которых цитируется данная работа"

Ответ: Таблица

Обязательное задание. Тема 4. ДНК метилтрансферазы млекопитающих

Uniprot

Таблица Uniprot записей Uniprot о ДНК метилтрансферазах человека.
Запрос (3 matches found): name:"dna cytosine 5 methyltransferase" NOT name:trna NOT name:like organism:homo sapiens AND reviewed:yes

PDB

Запрос: Text Search for: dna (cytosine-5)-methyltransferase and TAXONOMY is just Homo sapiens (human) and ENZYMECLASSIFICATION is 2.1.1.37: DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
Таблица PDB

Pubmed

Запрос: (DNA (cytosine-5)-methyltransferase[Title]) AND Review[Publication Type]
Таблица Pubmed

Вопросы

  1. У млекопитающих (и человека в том числе) метилируется только цитозин. Также может метилироваться и аденин.
  2. Для активности нужен кофактор S-аденозил-метионин
  3. Структуры метилтрансфераз в PDB:
    DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A - 7 структур
    DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B - 2 структуры
    DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 - 3 структуры
Назад
© Sergey Starikov, 2014