Blast

Задание 1

Число находок: 11802: из них 2 - у эукариот, остальные у прокариот.

Все находки являются гомологами, ведь у последнего результата E-value = 0.001, а Query covery > 70%.

Ссылка

Таблица. Характеристика последовательностей

ХарактеристикаИдентификаторBit scoreId, %Pos, %E-value
ЛучшаяWP_015812155.17451001000.0
СредняяWP_028995219.187.427434e-16
ХудшаяWP_030865159.150.124380.001

Графическое представление результатов:

Задание 2

Для таксона Cyclobacteriaceae (taxid:563798) найдено 17 результатов. Для WP_020890262.1 E-value изменилось с 3e-177 до 4e-180 (размер банка стал меньше), другие параметры не изменились.

Ссылка

Задание 3

Карта локального сходства (исходный YP_003087070.1 и WP_013298954.1):

Линии - участки сходства, прерывания - гэпы.

Задание 4

Лучшая находка: bit score - 18.9; E-value - 0.39; Id - 22%; Pos - 39%;

Нет гомологии: bit score, id, pos малы, E-value очень велико.


Назад
© Sergey Starikov, 2014