Paired alignments

Взял выравнивание align_03.

С помощью Principal component analysis нашел 2 наименее сходных последовательности: BREBN,ENTHHY.

Параметры глобальных (needle) выравниваний - (gapopen 10, extension 0.5), (gapopen 0, extension 0)

Параметры локальных (water) выравниваний - (gapopen 10, extension 0.5), (gapopen 5, extension 1)

Использованы последовательности с ID в Uniprot: C6W2Q1,F4BY60.

Названия окон jalview даны в соответствии с заданиями: Jalview project

Один из участков с различиями: 90-94

Число отличающихся колонок: 18 (12%)

Рисунок отличающегося участка:

"Хорошее" глобальное парное выравнивание (needle): одинаковых - 46.7%; сходных 29%; гэпов -3;
"Плохое" глобальное парное выравнивание (nonhomologous_needle): одинаковых - 19.5%; сходных - 8.6%; гэпов -20;
Глобальное c gap open = 0, extension = 0 (needle_1): одинаковых - 51.3%; сходных 29%; гэпов -45;
Хорошо видно, что "плохое" выравнивание действительно плохое
Изменение параметров привело к предсказуемому результату - без ограничений на гэпы программа начинает ставить огромное их кол-во
Локальное парное выравнивание (water): одинаковых - 46.7%; сходных 29%; гэпов -3;
Глобальные выравнивания лучше локальных для определения негомологичных последовательностей (локальное выдает слишком большое кол-во совпадений)
Множественные выравнивания лучше парных, ведь при их использовании резко уменьшается вероятность случайных совпадений