Psi-Blast

Задание 1

1 итерация: число находок выше порога - 93; лучшая находка: ID: sp|P0AB72.2|ALF_ECO57, Bit score = 533, E-value = 0.0; худшая находка : ID - sp|P27995.1|ALF1_RHOSH, Bit score = 58.9, E-value = 2e-08
2 итерация: число находок выше порога - 94 (есть новые находки); лучшая находка: ID: sp|O52402.2|ALF_EDWI9, Bit score = 498, E-value = 5e-175; худшая находка : ID - sp|P50923.1|ALF2_RHOCA, Bit score = 86.6, E-value = 2e-19
3 итерация: число находок выше порога - 94 (нет новых находок); лучшая находка: ID: sp|O52402.2|ALF_EDWI9, Bit score = 494, E-value = 8e-174; худшая находка : ID - sp|P50923.1|ALF2_RHOCA, Bit score = 87.8, E-value = 6e-20
4 итерация: число находок выше порога - 94 (нет новых находок); лучшая находка: ID: sp|O52402.2|ALF_EDWI9, Bit score = 496, E-value = 3e-174; худшая находка : ID - sp|P50923.1|ALF2_RHOCA, Bit score = 89.7, E-value = 2e-20

Команда: muscle -in seqdump.txt -out muscle.fasta

Последовательности очень похожи. Команда: muscle -in task4.txt -out muscle1.fasta

Использовал mafft: mafft task4.txt > mafft.fasta

Использовал muscle

Выравнивания практически совпадают (до блоков точно).