A- и В- формы ДНК. Структура РНК

Задание 1. Пострение моделей структур A-, B- и Z-формы ДНК с помощью программы fiber пакета 3DNA.

Использвал последовательность gatc для A и B форм

Задание 2. Средства JMol для работы со структурами нуклеиновых кислот.

Упражнение 1

Рис. 1 Cахарофосфатный остов ДНК выделен белым цветом.

Рис. 2 Все нуклеотиды выделены белым цветом

Рис. 3 Нуклеотиды, содержащие аденин выделены белым цветом.

Рис. 4 Атомы N7 во всех гуанинах выделены белым цветом.

Упражнение 2

Упражнение 3

Рис. 5 ДНК в 1ODH без разрывов

Рис. 6 Обе цепи РНК в 1IL2 без разрывов

Задание 3. Сравнение структур 3-х форм ДНК с помощью средств JMol.

Упражнение 1

Рис. 7 Анализ аденина в A и B формах ДНК

Упражнение 2

Таблица 1. Основные спиральные параметры разных форм ДНК.

Упражнение 3

Таблица 2. Основные спиральные параметры разных форм ДНК.

Если для A-формы еще ничего, терпимо получилось, то для B-формы получились значения, вообще не похожие на указанные в презентации

Задание 4. Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA.

Упражнение 1

Рис 8 Торсионные углы в сгенерированной A-форме

Рис 9 Торсионные углы в сгенерированной B-форме

Рис 10 Торсионные углы в сгенерированной Z-форме

Сильнее всего, похоже, отличаются у форм углы дельта.

Рис 11 Приведены торсионные углы на участке тРНК

Средние значения торсионных углов:
• α: -65.3
• β: 56.4
• γ: 45.0
• δ: 86.6
• ε: -153.2
• ζ: -69.5
• χ: -157.4

Самый деформированный нуклеотид - [G]30 (сильно отличается по всем определенным для него углам)

Упражнение 2

Рис 12 Водородные связи. "Стебли" в цепи тРНК выделены красным цветом, неканонические пары - зелеными точками. Остальные водородные связи участвуют в стабилизации третичной структуры

Упражнение 3

Рис 13 Возможные стекинг-взаимодействия. Наибольшие значения площади перекрывания выделены зеленым цветом, наименьшие - синим.

Рис 14 Изображение стекинг-взаимодействия GU/GC (номер 16 на рис 13)