Моя главная страница
Рис. 1 Инвертированные участки в последовательности тРНК из 1IL2 (параметры gap penalty 2; minimum score threshold 20; match score 5; mismatch score -2)
Рис. 2 Вторичная структура тРНК из 1IL2, полученная с помощью алгоритма Зукера. (MFE secondary structure, free energy = -25.87 kcal/mol).
Нормальной для тРНК картинки изменением параметров добиться не удалось
Рис. 2 Вторичная структура тРНК из 1IL2, полученная с помощью сервиса RNAstructure. (MFE secondary structure, free energy = -25.6 kcal/mol).
Ну не очень, но теперь хотя бы можно параметры для таблицы нормальные получать
Рис. 4 Вторичная структура тРНК
| Участок структуры | find_pair | einverted | RNAstructure |
| Акцепторный стебель | 5'-901-907-3' 5'-966-972-3' 7 пар |
6/7 | 5'-901-908-3' 5'-964-971-3' 8/7 |
| D-стебель | 5'-910-913-3' 5'-922-925-3' 4 пары |
1/4 | 5'-910-913-3' 5'-922-925-3' 4/4 |
| T-стебель | 5'-949-953-3' 5'-961-965-3' 5 пар |
1/5 | 5'-949-952-3' 5'-959-962-3' 4/5 |
| Антикодоновый стебель | 5'-926-932-3' 5'-938-944-3' 7 пар |
3/7 | 5'-927-931-3' 5'-939-943-3' 5/7 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 21 | 21 | 21 |
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 2 | 8 | 10 |
| остатками фосфорной кислоты | 12 | 8 | 20 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 4 | 0 | 4 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
Странно, что неполярных контактов не оказалось совсем. А так норм, хотя вообще контактов ДНК-белок немного.
Рис. 5-6 Популярная схема ДНК-белковых контактов nucplot
Больше всего контактов с ДНК у Asn65. Он, скорее всего, и является самым важным (образует 2 связи, притом водородные)