Выравнивание геномов

Карта сходства хромосом двух родственных бактерий

На рисунке приведена карта локального сходства бактерий Mycobacterium bovis (query - Ox) и Mycobacterium chelonae (subject - Oy).
Черным выделены 2 куска, претерпевших транслокацию и инверсию (0.8 - 1.5M и 2.8 - 3.85M по Ox), зеленым - кусок, претерпевший инверсию (1.8 - 1.9M), красным показаны вставки (1.9 - 2M и 2.1 - 2.15M) в последовательность Mycobacterium bovis.

Описание сходств и различий геномов близкородственных бактерий

В таблице описаны выбранные штаммы

g-блоки

Число g-блоков - 3
Выравнивание (qnpge):

s-блоки

Число s-блоков - 15
Суммарная длина - 1105998 (99.63%)
Процент консервативных позиций в объединенном выравнивании s-блоков - 99.93%

r-блоки

Число r-блоков - 7
Описание двух из них:

h-блоки

h-блок всего один, его и опишу (его нет у str. Chernikova):

u-блоки

u-блок всего один - u1x246 - принадлежит str. Chernikova:

Эта последовательность присутствует у кучи других штаммов Rickettsia, но у организмов других видов ее, похоже, нет (Query cover маленький слишком, а последовательность и так небольшая).
Видимо, не было никакого горизонтального переноса.

Примеры расхождений между аннотациями генов из одного блока

• s3x133: только у str. NMRC аннотирован ген (хотя выравнивание - полное)

  
  
  
  

• s3x63237: только у str. NMRC аннотирован ген (хотя выравнивание - полное)

  
  
  
  
  

  Все это было очень удобно находить с помощью qnpge:

  
  
  
  
  

Пакет npge достаточно удобен в работе, особенно для исправления ошибок в аннотациях, определения синтеничных участков и глобальных событий в эволюции штаммов.