Чтение последовательностей по Сэнгеру

Задание 1

Ссылки на исходные файлы:

Прямая последовательность
Обратная последовательность

В прямой последовательности не читаются: 5'-1-31, 3'-375-378

В обратной последовательности не читаются: 5'-1-67, 3'-409-413

Таким образом, после удаления нечитаемых концов первый читаемый нуклеотид в прямой последовательности соответствует 62 нуклеотиду обратной цепи, а последний читаемый нуклеотид обратной цепи соответствует 302 нуклеотиду прямой.

В среднем, шум в 5-8 раз менее интенсивен, чем сигнал. Сила сигнала и шума довольно равномерна. Пики у нуклеотидов разные, могут различаться не более, чем в 5 раз. В целом, качество хроматограмм хорошее (возможно, это связано с не очень большой длиной)

Проблемные места:

Рис. 1,2 Участки прямой и обратной цепи соответственно. Отчетливо видно, что на месте N должен стоять T.

Рис. 3,4 Участки прямой и обратной цепи соответственно. Отчетливо видно, что на месте N должен стоять A

Рис. 5 Участок прямой цепи. Отчетливо видно, что на месте первого N должен стоять T, на месте второго - T. Решить, что поставить вместо третьего N, не представляется возможным

Рис. 6 Участок прямой цепи. Отчетливо видно, что на месте N должен стоять С

Рис. 7,8 Участки прямой и обратной цепи соответственно. Здесь все норм.

Файлы:

Jalview file
Fasta-file с чистой последовательностью

Задание 2

Не очень хорошая хроматограмма:

Ссылка на файл с хроматограммой

Рис. 6 Пример нечитаемой хроматограммы. Большой уровень шума.


Моя главная страница
© Sergey Starikov, 2015