Предсказание генов прокариот

Аннотация последовательности, сравнение с аннотацией генов в GenBank

Для выполнения задания был выбран геном фага Enterobacteria phage lambda (NC_001416.1).

(один лист содержит таблицу для сравнения, другой - таблицы по отдельности)

• Число одинаково аннотированных генов (совпадают и старт, и стоп-кодоны) - 47
• Число генов с одинаковым стоп-кодоном, но разными старт-кодонами - 10
• Число генов, аннотированных RAST, и не аннотированных в записи GenBank - 6
• Число генов, аннотированных GenBank, и не аннотированных RAST - 13

Для проверки несовпадающих аннотаций в BLAST были выбраны 3 гена (blastp):
1. 
   
   

   BLAST, в отличие от RAST, не так уверен в функции данного белка (там в находках и дальше нет ничего функционально аннотированного)

2. 
   

   BLAST по более длинному варианту (GenBank) выдал

   
   
   

   BLAST по более короткому варианту (RAST) выдал

   
   
   

   Видимо, прав GenBank - белок у фага лямбда длинный - однако консервативен только короткий кусок.

3. 
   

   BLAST по более короткому варианту (GenBank) выдал

   
   
   

   BLAST по более длинному варианту (RAST) выдал

   
   
   

   Не очень понятно, кто прав.

Можно заключить, что RAST находит большинство белков, а в некоторых случаях указывает более точные аннотации