Анализировался белок 2ei4_A
Для составления репрезентативной выборки гомологов данного белка был произведен поиск по базе UniRef50 с помощью Blast EBI (порог E-value e-10). Получено 160 находок, e-value лучшей - 1.0E-150, худшей - 4.8E-11.
Проект Jalview.
Пришлось удалить несколько последовательностей (A0A0A0R591, Q38RH7, A0A0A0R8B3, I1X8Q4, A0A0A0RAS2, Q38RI4, I1X8N7, A7U129, UPI0006860F8C, S7CYA7, V4XAL3 ,UPI000687A5DF, G7AYB7, A0A063V2J3, U5TV41, V4ZXX3, A0A0A0R8C7, U1P9B5, Q53461, A0A0S1WED8, UPI00069EB25D, Q7ZAI7) - слишком короткие. Выравнивание стало лишь ненамного лучше, но стоит заметить, что даже с порогом e-10 было найдено лишь 160 находок (хотя запрошено 200), а при пороге e-50 было 5 находок.
Также удалены A0A0G4G5F3, U1NPF7, A0A0G4H294, A0A0G4GU07 (длинные слишком, можно было и колонки спрятать, но гомологов и так достаточно).
Осталось 135 последовательностей.
Была произведена разметка трансмембранных спиралей сначала ручная (по заданному белку), а затем сервисом TMHMM (по гомологу P69051).
Результат работы THMHMM - на рисунке:
Рис. 1. Результат работы сервиса THMHMM. Предсказание трансмембранных участков.
В целом сервис THMHMM нигде не ошибся - границы трансмембранных спиралей предсказаны довольно точно.
Затем последовательности были покрашены согласно гидрофобности остатков (Hydrophobicity - чес краснее, тем гидрофобнее)(первый рисунок), после добавлена опция Above identity threshold=0:
Рис. 2. Структура белка, покрашены остатки согласно их гидрофобности (Hydrophobicity - чем краснее, тем гидрофобнее).
Рис. 3. Структура белка, покрашены консервативные остатки согласно их гидрофобности (Hydrophobicity - чем краснее, тем гидрофобнее) (identity threshold = 20).
Участки, относящиеся к трансмембранным спиралям, консервативны не для всех спиралей (есть блоки в выравнивании, но видно, что даже при identity threshold=20 некоторые спирали имеют очень мало покрашенных остатков). В спиралях часто встречаются гидрофобные остатки, но есть и консервативные гидрофильные - для связывания гидрофильных молекул. Участки между спиралями совсем не консервативны, там больше гидрофильных остатков.
В целом сервис THMHMM нигде не ошибся - границы трансмембранных спиралей предсказаны довольно точно.