Анализировался ген SDY_3202 (ygiC) из организма Shigella dysenteriae (организм присутствовал в SEED).
На рисунке показано геномное окружение гена (обозначен 1) и 13 его ортологов:
Из рисунка видно, что во многих организмах в окрестности данного гена встречаются гены 2 (ygiB), 3 (ygiD - uncharacterized), 4 (TolC), 5 (ADP-ribose pyrophosphatase), 6 (3', 5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase), 8 (putative esterase), 7 (toposisomerase IV subunit B).
Также у многих ортологов встречаются гены 9 (3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase), 10 (yqiC - uncharacterized), 11 (putative), 12 (zinc transporter ZupT).
Видно, что три последних организма выбиваются из группы - они морские, другие - патогены.
На рисунке - изображение оперона с геном ygiC и соседних генов и оперонов:
Номер оперона 157711, в него входят гены ygiC (кодирует амидазу), ygiB, ygiA (гипотетические белки), tolC (кодирует белок TolC - канал в наружной мембране, через него выходят из клетки гидрофобные и амфипатические молекулы). Вообще, tolC, видимо, самый важный белок оперона.
В БД SEED у всех организмов нашелся ygiB, у многих (патогенов) - tolC, но только у E. coli нашелся ygiA (неизвестная ф-ция).
Белка YgiC в БД KEGG не оказалось. Но в названии белка в SEED было "Similarity with glutathionylspermidine synthase (EC 6.3.1.8)". Данный фермент - глутатионилспермидин синтаза - участник метаболизма глутатиона (на картинке). Нашел TolC, на следующей картинке - его участие в секреции веществ бактерией.
YgiA, YgiB не нашел - на картинке метаболизма глутатиона покрашен только YgiC красным, TolC там тоже нет.
Согласно статье 2010 года, функциональная связь между белками YgiC, YgiB и TolC неясна. YgiB - липопротеин наружной мембраны, YgiC - участвует в метаболизме глутатиона, а TolC - секретирующий белок наружной мембраны. Возможно, некоторые метаболиты, образующиеся в процессе метаболизма глутатиона, выводятся белком TolC, это объясняет их объединение в один оперон (хотя авторы статьи предполагают, что YgiC, YgiB не участвуют в метаболизме глутатиона, а необходимы для защиты внутренней мембраны).
| Идентификатор | SDY_3202 |
| Название гена | ygiC |
| Организм | Shigella dysenteriae |
| Функция белка | АТФ-зависимое образование глутатионилспермидина |
| Система KEGG | Метаболизм глутатиона |
| Номер оперона | 157711 |
| Белки, кодируемые в том же опероне | YgiB, TolC |
| Белки, найденные через геномное окружение | YgiB, TolC, ADP-ribose pyrophosphatase, 3', 5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase, toposisomerase IV subunit B |
В таблице жирным показаны белки, найденные и SEED, и DOOR. Белков, попавших в тот же метаболичекий путь, не было.